Оставив в стороне свои разногласия и после большого количества дипломатических прений Венеция, папство и Венгрия образовали союз против османов в мае 1501 года. Венеция все еще владела островами Кипр, Крит и Корфу, число ее более мелких владений сокращалось. Это усилило атаки республики на османские территории: позднее, в том же году объединенные французско-венецианские силы высадились на Лесбосе, расположенном у северо-западной части Малой Азии, но были отброшены. В следующем году венецианские силы высадились на юго-западном побережье Малой Азии у Фетхие (Макри) и разграбили прилегающие территории. Несмотря на помощь союзников, Венеция не могла пойти дальше этих незначительных демонстраций силы; она попросила мира, и соглашение, заключенное в 1503 году, приблизило Баязида к достижению цели — вытеснить Венецию с Балкан.
Победу в войне с Венецией принесли Баязиду морские силы, но они нуждались в восстановлении, и он приступил к полномасштабной реконструкции своего флота. Были построены более легкие, более маневренные корабли, их личный состав значительно увеличился. В течение нескольких лет не предпринималось никаких серьезных морских операций, флот был задействован для того, чтобы держать морские пути открытыми, защищая торговые и другие суда от пиратства, как свои, так и иностранные, ходившие в восточных водах Средиземного моря.
Наличие мощного флота открыло для османов новые перспективы, как когда-то для европейских государств. После того как Васко да Гама обогнул м ыс Доброй Надежды в ноябре 1497 года и добрался до Индии следующей весной, коммерческие интересы Португалии вошли в конфликт с многовековой арабской торговой системой в Индийском океане; в частности, они угрожали контролю мамлюков над торговлей специями из Южной и Юго-Восточной Азии. Усилия мамлюков на море оказались недостаточными, чтобы защитить свои интересы: в том же году, когда португальцы активизировались в Индийском океане, в восточной части Средиземного моря стало расти число пиратских нападений с острова Родос, и победа родосского флота над мамлюкским конвоем с грузом дерева с берегов Северной Сирии в 1508 году продемонстрировала беспомощность мамлюков на море. Мамлюки были вынуждены обратиться за помощью к Баязиду, таким образом Баязид смог добиться того, что был не в состоянии взять силой: признание его превосходства над мамлюками в борьбе за господство на Ближнем Востоке. В 1510 году посольство к османскому двору было вознаграждено дополнительной помощью оружием и продовольствием для мамлюкского флота. В дополнение к компетентности в морском деле, османы владели артиллерией, равной той, которую использовали европейцы; они снабдили флот мамлюков пушками против португальцев, а также послали своих офицеров командовать мамлюкским флотом.
Эта неспособность мамлюков защитить свои корабли от португальцев дала Баязиду прекрасную возможность вмешиваться в дела мамлюков и преследовать свои интересы. Его мотивы были различными: доступ османов в Индийский океан позволил бы ему участвовать в прибыльной торговле специями, в то время как поддержка мамлюков препятствовала бы их союзу с новым врагом, появившимся на восточной границе, — шахом Сефевидов Исмаилом, — а также нейтрализовала любую возможную помощь мамлюков его сыну Коркуду, который, будучи недовольным провинцией, которой его назначили править, уехал в Каир в 1509 году, возможно готовясь бросить вызов власти Баязида. Расчеты Баязида оправдались.
Хотя появление португальцев в Индийском океане и последующее проникновение туда османов положило начало длительной вражде между ними, оба государства осознавали значительные финансовые и стратегические выгоды от вовлечения сил в ту часть мира, которой до настоящего времени мало интересовались. Более того, вмешательство Баязида в дела мамлюков открыло путь к завоеванию его сыном Селимом Сирии и Египта несколькими годами позже. Но пока иранское государство Сефевидов представляло угрозу для основ османской легитимности, настолько же опасную, как и вышеописанные. Борьба за превосходство внутри исламского мира во всех отношениях была настолько же напряженной, как и вражда между христианскими и мусульманскими государствами, и за первые триста лет существования представляла более серьезную угрозу для Османской империи.