Махмуд не собирался истреблять янычар столь жестоким образом, но осторожность, с которой он готовился к проведению реформирования этого корпуса, и чувство реализма, которое требовало наличия плана на тот случай, если дела пойдут не так, как надо, стали причиной того, что, когда у него не оказалось иного выбора, он сумел проявить решимость и довести операцию до ее ужасного финала. И по словам одного турка, ставшего очевидцем этих событий, и по сведениям британского посла Стратфорда Каннинга, количество погибших составило приблизительно шесть тысяч человек. Помимо янычар, убитых во время штурма казарм (который, по сведениям другого турка, продолжался всего 21 минуту), в последующие дни были схвачены многие тысячи бунтовщиков. Дороги и порты были взяты под жесткий контроль, поэтому известия о «благоприятном инциденте», а именно такое название получил этот мятеж, и о новом указе, официально упразднявшем корпус янычар, распространились по стране только после того, как губернаторы провинций получили указания о том, как им действовать. Им было приказано конфисковать все снаряжение янычар, какое они смогут найти, а также вывести гарнизоны янычар из всех крепостей и заменить их теми войсками, которые находились в их собственном распоряжении. Слово «янычар» надлежало вычеркнуть из словаря, что было типичным для турок компромиссом. Люди, называвшие себя янычарами, многие годы были причиной беспорядков во всех провинциях империи, и теперь повсюду население воспользовалось возможностью им отомстить: были казнены командиры многих подразделений местных янычар, но многие рядовые, должно быть, вернулись к гражданской жизни, от которой они никогда полностью не отрекались. Хотя ополчение не приняло участия в янычарском мятеже, состоявшие из ополченцев гарнизоны босфорских крепостей (они показали свою ненадежность, когда подняли бунт против предпринятого султаном Селимом перехода к армии «нового порядка») были расформированы. Правительство воспользовалось возможностью очистить Стамбул от тех, кого оно считало нежелательными элементами, то есть от представителей низших слоев общества, живших в этом перенаселенном городе. Эти люди без особых уговоров принимали участие в любых массовых волнениях. В течение двух с половиной месяцев после ликвидации янычар 20 000 человек были высланы из Стамбула и направлены в свои родные провинции. Им было запрещено возвращаться в столицу.
Махмуд быстро приступил к созданию новой армии. Первоначально корпус «Победоносных солдат Мухаммеда» должен был состоять из 12 000 пехотинцев и приблизительно 1550 кавалеристов, расквартированных в Стамбуле, и дополнительных подразделений в провинциях. Подробные положения определяли условия их службы (они служили как минимум двенадцать лет и раз в год имели право уходить в отпуск) и их форму европейского образца.
В назначенные сроки государственное казначейство выделит каждому майору толстую куртку с шитьем золоченой нитью, пару брюк из темно-красного тонкого сукна со швом, плотно облегающих ногу до верхней части голени, и просторный халат, а также стеганый головной убор наподобие калпака, украшенный золоченой нитью, и лахорский платок [т. е. платок из тонкой шерсти]. При необходимости это будет заменено при выплате жалованья. Шестого мая каждого года каждому адъютант-майору будет выделена короткая толстая куртка и короткий просторный халат, а также стеганый головной убор наподобие колпака, украшенный золоченой нитью, и багдадский платок [т. е. вероятно, платок из шелка или хлопка] с цветочным узором, а капитанам, лейтенантам и знаменосцам, а также сержантам — вышеупомянутую одежду, за исключением платка; а каждому рядовому солдату и писарям — длинную толстую куртку из смеси тонкого сукна и шелка-сырца. Форма рядового также будет состоять из простого стеганого головного убора наподобие колпака и плаща для строевой подготовки из прочной грубой шерсти, а также короткого просторного халата и брюк из домотканной шерсти, обтягивающих ногу до верхней части голени, а также кальсоны и легкие полусапожки.
Согласно традиции, корпус янычар состоял из христиан, обращенных в ислам, и нет сомнений в том, что новообращенные продолжали в него вступать даже после того, как его основу стали составлять люди, которые с рождения были мусульманами. Согласно своду законов корпуса «Победоносных солдат Мухаммеда» в его состав не должны были входить никакие новообращенные. Среди погибших в Стамбуле янычар были и немусульмане, о чем говорила татуировка в виде креста на их предплечьях. Султан утверждал, что это шпионы-христиане, которые выдавали себя за мусульман.
Казармы янычар в Стамбуле были снесены, а подразделения новой армии были расквартированы за чертой города, в Левент-Чифтлиги, Ускюдаре и Дауд-паше, где Селим III построил казармы для своей армии «нового порядка».