Слухи и дезинформация стали питательной средой для чисток: многие из тех, кого предали анафеме, не имели никакого отношения к Бекташи и были представителями как высших, так и низших слоев. На великого визиря Селима Мехмед-пашу была возложена ответственность по искоренению адептов ордена Бекташи в Стамбуле. Но придворному летописцу того времени Ахмеду Луфти-эфенди стало известно о том, что сам Селим Мехмед-паша является членом Бекташи. В 1826 году выходец из высших слоев духовенства Шанизаде Атаулла-эфенди (бывший придворный летописец и автор значительных научных трудов по медицине) был обвинен в сочувствии Бекташи и приговорен к высылке из Стамбула. Он умер от разрыва сердца (во всяком случае, так объяснили его смерть), еще до того как ему передали распоряжение султана покинуть столицу. Практика членства не в одном, а сразу в нескольких орденах дервишей была распространенным явлением, а поскольку попытки искоренить бекташи отличались невероятным рвением, то доставалось и шейхам других орденов, которых тоже отправляли в ссылку. Главным образом благодаря возможности проникать в другие ордена, где их принимали, и особенно в находившийся под покровительством официальных властей орден Накшбанди (которому они передали свою собственность), бекташи сумели уцелеть, хотя и перешли на нелегальное положение, а в середине столетия они снова стали пользоваться открытой поддержкой высших кругов.
Связь с янычарами стала причиной казни влиятельных глав трех богатейших еврейских семейств Стамбула — Аджиман, Кармона и Габбаи. Как и его предки, Исайя Аджиман был банкиром корпуса янычар. Сообщалось, что и двое других имели отношение к финансам янычар. Их имущество было конфисковано, и нет сомнений в том, что открывшаяся перед казначейством перспектива получить столь неожиданные доходы стала решающим фактором, определившим их судьбу. Однако сторонники подобного обращения с евреями представили дело в ином свете, определив причиной их гибели соперничество между армянами и евреями в борьбе за доходные посты, связанные с финансированием. (Порой и самих армянских банкиров казнили и лишали имущества. Стоит упомянуть Якуба Хованесяна, который в середине XVIII столетия управлял финансовыми делами главного черного евнуха Хаджи Бешир-аги, длительное время служившего у Махмуда I.)
Казнь еврейских банкиров и подавление ордена Бекташи вызвали широкое недовольство (хотя Махмуд и прекратил репрессии, оставив в силе лишь официальный запрет ордена Бекташи), а цена проводимых им реформ оказалась слишком высокой: все чиновники, с которыми он связывал успешное осуществление своих планов модернизации армии, получили щедрые вознаграждения, а для ремесленников города были введены новые налоги, которые должны были восполнить нехватку средств. Жители Стамбула были ошеломлены событиями тех месяцев — утратившие доверие к властям и обеспокоенные их действиями, они с ужасом наблюдали за тем, как трупы, «многие из которых были разодраны и обкусаны собаками», прибивало к берегу южнее дворца Топкапы. В конце июля, когда количество трупов увеличилось, в городе началась чума. 31 августа 1826 года, когда Махмуд решил, что добился полной победы над янычарами, он вернул священное знамя в сокровищницу. Почти сразу после этого ужасные пожары стали бушевать по всему городу, дома которого были сухими, как трут, по причине жаркого лета. Многие возлагали вину за поджоги на бывших янычар, которым удалось избежать репрессий.