В начале 1830-х гг. произошло событие, наложившее отпечаток на дальнейшую судьбу профессора. Он был приглашен генералом Сухово-Кобылиным домашним учителем для его шестнадцатилетней дочери. Профессор и его ученица полюбили друг друга. Их роман был бесперспективен, родители восстали против брака дочери с бывшим «поповичем». Они отослали дочь в Париж, где она позже вышла замуж за графа Салиаса де Турнемира, стала известной писательницей, печатавшейся под псевдонимом Евгении Тур. А Надеждин еще до конца учебного года, в феврале 1835 г., подает прошение об отставке с профессорской должности и уезжает в длительное путешествие по Европе, посещает Германию, Швейцарию, Австрию, Италию, Францию.
Публикация в «Телескопе» (1836, № 15) «Философического письма» Чаадаева оценена была как «выстрел в ночи». Мысли Чаадаева, кстати, соответствовали представлениям и высказываниям о России самого Надеждина455
. Реакция царя была незамедлительной: журнал закрыли, а Надеждина «препроводили» в Петербург для допроса в III Отделение, а затем сослали в Усть-Сысольск. В январе 1838 г. ему разрешили жить в Вологде, а в апреле этого же года царь помиловал Надеждина, разрешив жить «всюду, где пожелает». Все последующие годы своей жизни Надеждин посвятил научной деятельности в различных областях знаний: богословии, этнографии, филологии, истории, географии. Печатался он в различных российских журналах, а в «Энциклопедическом лексиконе» Плюшара поместил около 100 статей. Его избирают вначале членом Русского географического общества, а затем председателем отделения этнографии этого общества. В 1840–1848 гг. Надеждин совершил три длительных заграничных путешествия.В 1838–1842 гг. он живет в Одессе, став активным участником заседаний Одесского общества любителей истории и древностей, редактирует «Одесский альманах». В 1842 г. его приглашают в Петербург редактировать «Журнал Министерства внутренних дел». Одновременно он становится чиновником особых поручений при министерстве; ему поручают исследовать жизнь раскольников. Результатом этих исследований были две аналитические записки Надеждина: «Исследование о скопческой ереси» (1845) и «О заграничных раскольниках» (1846). Скончался Николай Иванович Надеждин от инсульта 11 января 1853 г.
Надеждин рано сформировался как философ, о чем говорят уже первые его работы, в том числе сочинение о Платоне: «Платон. Философ оригинальный, систематичный», «Идеология по учению Платона» и «Метафизика Платона». Позже, оставаясь объективным идеалистом, он стал приверженцем философии Шеллинга, акцентировав внимание на проблемах эстетики и метафизики. Он разделял взгляды Шеллинга на то, что мир един в своей двойственности. Соответственно философию он разделяет на натурфилософию и философию трансцендентальную: «Образование сей идеи составляет предмет философствования; а систематическое ее развитие по законам разума тему философии как науки. Философия природы возвышает к единой идее все явления вещественной жизни, составляющие великое здание вселенныя: ее предмет, следовательно, есть образование философического синтеза натуры. Философия разумения освещает единство, коим связываются бесчисленные явления духовной жизни в целость разумного бытия: и посему созидает философический синтез человечества»456
. Надеждин разделяет также Шеллингову диалектику единого и многого, концепцию развития и борьбы противоположностей как его источник и, наконец, идею всепроникающего историзма.Мир и человек порождены Богом, считает он, однако дальнейшая судьба духа противоположна природе. Уже на уровне «чувствования» дух начинает собственное развитие и самосознание, пытаясь «завоевать себе у враждебной природы собственное самостоятельное бытие»457
. Развитие духа («усовершенствование») идет по восходящей следующим порядком. Первая ступень, или «первоначальное тождество», распадается на противоположности, происходит «борьба двойственной природы». У каждой из них в дальнейшем осуществляется свое историческое развитие. К конце его они образуют новый синтез, или «средоточное единство», этих обогащенных ступеней, которому принадлежит будущее. При этом Надеждин не строил абстрактных конструкций, а, как и его предшественники Велланский и Павлов, опирался на эмпирию исторических событий. К примеру, в развитии культуры он выделял такие этапы: первобытная нерасчлененность, односторонняя материальность Античности, односторонняя духовность Средневековья, постепенный синтез начиная с XVI в. этих двух начал и, наконец, окончательный синтез, начавшийся в XIX в.