Павел III продолжал верить, что война еще не проиграна, что она может повернуться против императора, победа которого ему казалась непрочной. «Он верил в эти благоглупости потому, что ему так хотелось верить», — писал французский представитель при папском дворе королю Франциску I, которого папа убеждал прийти на помощь протестантам.
Ореол победы открывал перед Карлом V возможность «реформировать» католицизм, добиваясь смягчения некоторых его злоупотреблений и усиления значения светской власти по отношению к Риму. Возможно, что на этот «компромиссный католицизм» пошла бы и значительная часть колебавшихся протестантов, если бы Тридентский собор пошел на уступки. Но этих именно уступок боялся больше всего папа, и перевод собора в Болонью, куда не последовало немецкое духовенство, означал провал попыток к соглашению и компромиссу. Отныне в течение короткого времени было два собора, враждовавших между собой и не пользовавшихся авторитетом. Фактически Тридентский собор с 1547 до 1551 г. не функционировал. Он снова открылся под давлением императора в том же германском городе. Болонский же собор, по существу бездействовавший, был распущен 17 сентября 1549 г. незадолго до смерти Павла III.
Трудное положение католицизма во многих западных государствах в момент смерти Павла III заставило кардинальскую коллегию потребовать при избрании нового папы, принявшего имя Юлия III (1550–1555), возобновления Тридентского собора. Это требование поддерживал и Карл V, надеявшийся примирить протестантов с католиками в империи и достигнуть единства веры. Наоборот, Франция была против собора, стремясь к усилению внутри Германии религиозного раскола и ослаблению позиции Карла V. Без особой веры в успех своего дела Юлий III буллой «Cum ad tollenda» созвал в Триенте собор 1 мая 1551 г. Карл V рекомендовал протестантским князьям явиться на него. Некоторые откликнулись на зов императора, так как после поражения протестантов под Мюльбергом (1547 г.) чувствовали себя не в силах противостоять Карлу V.
Однако вмешательство французского короля в пользу немецких протестантов, от которых он получил Мец, Тур, Верден и Камбрэ, изменило положение дел в империи: Карл V снова начал борьбу с протестантами, которые покинули Тридентский собор. 28 апреля 1552 г. собор прекратил свою деятельность. Этот перерыв затянулся на целых 10 лет, до 1562 г. Папство стремилось нанести удар испано-габсбургской монархии, несмотря на ее преданность католицизму и ее явную ненависть к протестантам. Однако все попытки папства оттеснить Испанию оказались бесплодными, и папская курия сосредоточила свое внимание на борьбе с «внутренними врагами», поднимавшими голову в самой Италии. После отречения Карла V в 1556 г. его «универсальная монархия» распалась: сын Карла Филипп II стал испанским королем, а его брат Фердинанд первый сделался германским императором.
Италия покрылась, начиная с опубликования буллы «Licet ab initio» (1542 г.), густой сетью инквизиционных трибуналов. Достаточно было малейшего подозрения в отклонении от католической догмы, чтобы подвергнуться самым суровым преследованиям; даже кардинал Джованни Мороне, в свое время высказывавшийся на вселенском соборе в примирительном духе по вопросу об оправдании верой, был арестован по распоряжению нового папы Павла IV (1555–1559) и должен был публично отречься от своих взглядов, в свое время высказанных на первых заседаниях Тридентского собора. Он был выпущен из тюрьмы только после смерти Павла IV.