Продолжая борьбу за германских князей, Минуччи требовал от папы в особом тайном меморандуме создать в Риме для Германии датарий (распределитель духовных мест) и составить перечень наиболее знатных дворянских фамилий. Составление такого «каталога нисходящей знатности», советовал Минуччи, лучше всего поручить «отцам иезуитам» или папскому нунцию в Германии. Отныне каждая открывающаяся должность будет заниматься в соответствии со степенью знатности кандидата. Ни один капитул, никакой каноник не сможет возражать против назначения, исходящего законным образом из Рима. Значение же последнего поднимется на необычайную высоту как в материальном, так и в моральном отношении.
Тактика, разработанная Минуччи, достигла цели: в 1588 г. он представил папе свои «соображения», а уже в 1590 г. баденский герцог Яков начал вести особый список представителей германской аристократии, перешедших в лагерь католицизма.
Были, однако, случаи и обратного перехода, и не только в Германии, но и в некоторых других странах, — там, где шла классовая борьба с переменным успехом то в пользу буржуазии, то в пользу крупного феодального землевладения. Так, французский король Генрих III, бывший долгое время игрушкой в руках католической партии, внезапно сверг с себя «это тяжкое иго», арестовал архиепископа Лиона и кардинала Бурбона и даже убил герцога Гиза и его брата, кардинала. Папа Сикст V (1585–1590), возмущенный тем, что «благородный член святого престола» был убит светской властью без суда и приговора, резко упрекал своего легата в Париже Морозини, почему он не отлучил от церкви короля: «Он должен был это сделать, если бы ему это стоило даже ста жизней». Папа предложил Генриху III под угрозой отлучения от церкви немедленно выпустить из тюрьмы арестованных кардинала и архиепископа и явиться в Рим. Свою резкость Сикст объяснял «ответственностью перед богом, который счел бы его самым бесполезным папой», если бы он решительно не реагировал на «святотатственные поступки» Генриха III.
23 июня 1589 г. папский приказ с предостережением, что король погибнет, подобно царю Саулу, если не подчинится папе, был доставлен в Париж, а 1 августа доминиканский монах Жак Клеман убил Генриха III ударом кинжала. Накануне кордельерские монахи сняли «голову» на портрете Генриха, и религиозные процессии шли, выкрикивая:
«Погаси, господи, род Валуа», а в главном парижском соборе настоятель Пижена произнес проповедь на перифраз стиха Виргилия: «Пусть мститель восстанет из наших костей и огнем и мечом уничтожит Валуа, этот род тиранов».
Сам папа в убийстве Генриха III увидел, что «бог все-таки не покидает своей Франции»; ведь в убийстве Генриха «бедным монахом» с особой силой проявилось «вмешательство всевышнего». Однако «бог» требовал и «человеческого вмешательства». Папа немедленно сместил недостаточно решительного парижского легата Морозини, назначил энергичного Гаэтано, вступил в переговоры с испанским королем Филиппом II, предлагая ему французскую корону и обещая послать на помощь 15 тыс. солдат и 800 лошадей, не считая постоянной денежной субсидии на ведение войны. Франция должна была стать испанской провинцией — того требовали интересы католицизма. Это было и в интересах религиозного фанатика Филиппа II, сына «универсального императора» Карла V. Гаэтано уже приготовил приказ о введении во Франции инквизиции и об отмене галликанской «свободной церкви». Приказ этот, однако, никогда не был осуществлен. Король Генрих IV, представитель новой династии Бурбонов, опубликовал в 1598 г. Нантский эдикт, предоставивший во Франции почти полное равноправие гугенотов с католиками.
Покончив таким образом с религиозными войнами, тянувшимися свыше 30 лет, Франция двинулась по пути абсолютизма, враждебного феодальному сепаратизму аристократии, но вполне сочетавшегося с социально-политическими интересами феодального класса в целом, с феодальной эксплуатацией народа, выгоды которой, наравне с землевладельческой знатью, сумела использовать для себя и церковь во главе с римским папой. Солидарность с Римом реализовалась на деле. Генрих IV в 1597 г. содействовал папе в его стремлении присоединить к Папской области город Феррару. Этот город — один из центров гуманизма, в котором велись оживленные диспуты о Гомере, Виргилии, Аристотеле, папство вскоре превратило в монастырско-кладбищенский город, жители которого массами стали переселяться в Модену, тем более что в Ферраре в большом числе появились инквизиторы, выискивавшие все новые жертвы.
Значительное ослабление позиций католицизма в конце XVI в. папство пыталось компенсировать путем активизации деятельности инквизиции. Усилились жестокие преследования всякого вольного слова, свободной мысли. Долгие годы в застенках инквизиции томился мужественный борец за свободу своего народа, родоначальник утопического коммунизма Томазо Кампанелла. По обвинению в ереси 17 февраля 1600 г. был сожжен живым на костре осужденный инквизицией Джордано Бруно.