Расширение папских владений по р. По привело к столкновению с Венецией, отстаивавшей свободу плавания по этой реке и считавшей рыболовство по ней своей монополией. Вскоре эти недоразумения осложнились другими: в Венеции владели огромным имуществом различные ордена и монастыри, они, ссылаясь на папские льготы, не платили налогов и претендовали на ряд привилегий. Не желало подвергаться налоговому прессу и венецианское духовенство, общий доход которого равнялся, по определению венецианских властей, 11 млн. дукатов. После энергичных требований светских властей духовенство согласилось внести лишь 12 тыс. дукатов. Венеция не желала удовлетвориться такой ничтожной суммой.
Были и другие поводы к столкновениям: Венеция славилась тогда своими типографиями и снабжала почти всю Европу печатными произведениями, в огромном большинстве случаев теологического характера. Чрезвычайные запреты папской цензуры, уничтожавшей лютеранские книги, а затем все, что содержало даже малейшие нападки на нравы духовенства, на чрезмерные претензии папства, на его лицемерную, изуверскую и полную противоречий политику, наносили удар одной из тех отраслей производства, которые обогащали Венецию.
Уничтожались сочинения не только таких авторов, которые либо были на подозрении у папства, либо содержали отступление от обязательной линии Рима, но и ортодоксальные произведения, проникнутые чисто католическим духом, не вызывавшие сомнений, также стали постепенно изыматься. Все более и более типографское и книжное дело превращалось в монополию Рима, где участниками книжного дела состояли члены курии, в частности лица, имевшие непосредственную связь с конгрегацией «Индекса». Они материально были заинтересованы в том, чтобы, запретив одни книги, другие разрешить и отменить данное разрешение и внезапно изъять уже поступившую в продажу книгу.
Обострению отношений между Венецией и курией способствовало и то, что республика запретила отчуждать в пользу духовенства какие бы то ни было земли и строить церкви и другие культовые учреждения в пределах Венецианской республики без разрешения светской власти. Вскоре конфликт принял острый характер: апелляция к папе была Венецией запрещена, сторонники Рима (папалисты) устранялись с различных служб и на духовенство накладывались разные повинности. Отправление денежных сумм в Рим контролировалось, равно как собрания духовенства и опубликование булл. То было, по выражению иезуита Беллармина, «языческой тиранией»: «стадо вздумало судить пастуха». Когда монах Паоло Сарпи, поступивший на государственную службу и защищавший интересы Венеции, заявил, что княжеская, светская власть столь же божественного происхождения, как и папская, и что Рим не имеет права отменять государственных законов, поскольку «всякая власть от бога», папа Павел V (1605–1621) отлучил от церкви все высшие органы Венецианской республики, в частности государственных консультантов, одним из которых и был монах Сарпи. Было объявлено, что через неделю в Венеции должно прекратиться, согласно папской булле 17 апреля 1606 г., всякое богослужение: церкви должны быть закрыты, покойников запрещалось хоронить по христианским обрядам и так далее На республику налагался интердикт.