Уступчивость Пия V объяснялась и тем, что его постигла неудача при попытке устранения с трона королевы Елизаветы. Изданная по этому поводу булла «Regnans in excelsis» (1570 г.) была последней попыткой папства лишить короля власти над его подданными. Эта булла вызвала недовольство даже в рядах английских католиков, не решавшихся открыто отказаться от повиновения Елизавете. Со всеми этими неудачами нужно было мириться и быть тем более уступчивым, что в это время на острове Мальта иоаннитские рыцари подвергались опасности со стороны турок, и Пий V «кровно» был заинтересован в создании большой христианской коалиции против мусульманского врага. Хотя папа пытался вовлечь в коалицию всю Европу, не исключая даже православной России, ему удалось, однако, организовать «священную лигу» лишь из Испании и Венеции. Командующий объединенным флотом Дон Хуан Австрийский в 1571 г. уничтожил в заливе Лепанто турецкую эскадру. Однако победители передрались между собой, и разбитые турки сумели сохранить за собой Кипр.
С вынужденной уступчивостью Рима менее всего мирились иезуиты, которые взялись с особой энергией за «идейную обработку» Венеции. В Падуе была организована высшая иезуитская семинария, а вскоре в Венеции — гимназия. Тысячами собирались из всей республики «вредные» книги и тайком сжигались. Повсюду выслеживались лютеране и прочие еретики. Везде иезуиты стремились захватить высокие посты и стать духовниками влиятельных лиц. Иезуиты учились в Венеции особому искусству — умению обращаться с купцами, становившимися дворянами. Так иезуиты начали подводить мину под буржуазное здание республики. Уже поднимался вопрос, насколько Венеция имеет право требовать жертвы от духовенства, которое служит богу, а не государству. Конфликт с республикой был неизбежен. Особую ярость иезуитов вызвала деятельность Лаоло Сарпи (1552–1623), который в 1585–1588 гг. был прокурором ордена «служителей божьей матери» в Риме. Вернувшись в 1589 г. в Венецию, Сарпи выступил в ряде произведений против притязаний папства играть руководящую политическую роль в итальянских государствах, хотя он оставался на позициях католицизма и относился враждебно к протестантизму.
Несмотря на грозную буллу Павла V о наложении интердикта на Венецию, республиканские власти не дрогнули и заявили, что в светских делах, кроме бога, республика не признает другого судьи. Они при этом выразили надежду, что и духовенство разделяет это же убеждение и остается верным республике и не подчинится беззаконному распоряжению папы Павла V.
И действительно, местное духовенство стало на сторону республики, за исключением иезуитов, капуцинов, театинцев, которые покинули Венецию и переселились в Папскую область. Театинцы — монашеский католический орден, основанный в 1524 г. Из этого ордена формировались кадры высшего духовенства. Капуцины — нищенствующий католический орден, основанный в 1525 г. в целях противодействия Реформации.
Так фактически произошло удаление наиболее воинствующих папистов из Венецианской республики, в актах которой она в это время называется «чистой»; под этим подразумевалось очищение ее территории от агентов папства.
Павел V решил начать войну с Венецией и заручился поддержкой Испании: уже вербовалась армия, и из Испании шли деньги и люди. Но вскоре стало известно, что Франция обещала выставить 15-тысячную армию в защиту Венеции, так как вмешательство Испании означало появление ее снова в качестве соперницы Франции на севере Италии. Военные действия были своевременно приостановлены и сменились продолжительными переговорами, в результате которых обе стороны пошли на уступки без решающего перевеса одной из них. Однако в одном вопросе победа осталась на стороне Венеции: иезуитам было воспрещено вернуться в Венецию. Они были из нее изгнаны как непокорные и не желающие подчиниться светской власти подданные.
Таким образом, папство, укрепившее свое положение после Тридентского собора, терпело тем не менее крупные поражения: во Франции, несмотря на переход Генриха IV в католическую веру, правила не крайняя католическая партия, а галликанская, по существу враждебная ультраклерикальным притязаниям папства. В Венеции же был нанесен тем более чувствительный удар папству, что иезуиты были его лучшими агитаторами и вернейшими последователями. Эти поражения свидетельствовали, что двойная игра папства: с одной стороны, стремление быть выше светской власти а с другой ограничение своей политики ролью союзника светской власти в борьбе против внутренних врагов — политических и религиозных — наталкивается на непреодолимые препятствия. Папство уже было подорвано теми значительными сдвигами, которые произошли в социальных и политических отношениях в Европе XV–XVI вв., и не могло поэтому с прежней властностью диктовать отдельным странам свою волю.