Чешские протестанты вступили в переговоры с немецкими и венгерскими противниками католического абсолютизма. События вскоре приняли международный характер. В начале военных действий умер император Матвей, и Фердинанд занял его трон. Чешский сейм отказался признать Фердинанда и избрал чешским королем кальвиниста Фридриха Пфальцского. Началась так называемая Тридцатилетняя война (1618–1648).
Победа императора Фердинанда II при Белой горе (1620 г.) означала конец самостоятельного существования Чехии: отныне законодательная власть была передана королю, немцы заняли господствующее положение в стране; протестантизм должен был быть с корнем вырван. В побежденных Фердинанд II видел одновременно еретиков и врагов абсолютной власти и преследовал их самым жестоким образом. Главные участники восстания были казнены. Имущество всех лиц, в той или иной степени замешанных в событиях, приведших к разрыву с Габсбургами и провозглашению чешским королем Фридриха Пфальцского, подлежало конфискации в пользу казны. Фактически оно было роздано крупным немецко-католическим землевладельцам и различным военным и гражданским чиновникам. Уже 6 февраля 1620 г., то есть в момент вступления габсбургских войск на чешскую территорию, главнокомандующему войсками Фердинанда II были пожалованы отнятые у магната Швамберга обширные земли, а ради привлечения польского короля Сигизмунда III к борьбе с протестантизмом ему были обещаны силезские поместья, которые принадлежали врагам «истинной» религии. Вскоре очень значительная часть чешских земель перешла в руки немцев. В Баварии говорили, что тот, кто в чешском восстании не приобрел 30 тыс. гульденов, является негодным воякой. После того как у всех участников событий 1618 г. было конфисковано их имущество, в 1622 г. была обнародована всеобщая амнистия, в силу которой участники восстания должны были добровольно сознаться в своей вине, если хотели сохранить честь, жизнь и имущество. «Амнистия» достигла цели: многие, поддавшись обману, поспешили «сознаться», что повлекло за собою бесчисленное множество новых земельных конфискаций. Одновременно с конфискацией имущества шли аресты и изгнания из Чехии. В 1623 г. страну покинули около 12 тыс. человек, а в 1628 г. — 36 тыс. семейств. Большой частью владений «еретиков» воспользовалась церковь: пражский архиепископ кардинал Гаррах получил поместья Молдавтейн, Гневковиц, Клетечну, Захотин, Червена-Речицу, Новый Рыхнов и Рожмиталь. Одновременно были одарены конфискованными землями все монастыри и главнейшие церкви. Некий каноник Платейс за энергичные розыски «божьих врагов» получил 12 тыс. гульденов. Львиная доля награбленного имущества досталась иезуитам. Пражская и Куттенбергская иезуитские школы получили 11 больших феодальных поместий, а также обширные земельные участки, принадлежавшие «еретическим» городам. Кроме того, им досталось 45283 талера наличными, 13 домов в Праге и знаменитая типография, принадлежавшая университету. Общая сумма, «пожертвованная» духовенству и императорским фаворитам, исчисляется в 5 млн. гульденов. Особенно сильно увеличили свои приобретения иезуиты, когда в Праге появился папский нунций Караффа, а иезуиты всецело овладели Фердинандом II.
Венцом папско-иезуитской политики явились королевские декреты 1624 и 1627 гг. о введении так называемой католической реформации в городах и поселках Чехии. Все церкви должны были перейти в руки католического духовенства; некатолики лишались гражданских прав и не допускались к занятию ремеслами и промыслами; их не венчали, не хоронили на кладбищах, для них были установлены денежные штрафы за непочитание католических праздников, несоблюдение постов и непосещение церкви. Особенным гонениям подвергались крестьяне и мелкие ремесленники, которые не смели выражать никакого недовольства насильственному окатоличению страны. Кто упорствовал в прежней вере, подлежал выселению. Ему давался шестинедельный срок для продажи имущества и ликвидации дел. В результате Чехия была разорена и пришла в полный упадок, тем более что Тридцатилетняя война ухудшила и общее положение империи и это также тяжело отзывалось в Чехии и Моравии. Из 2,5 млн. жителей, насчитывавшихся в 1618 г. в Чехии, к 1650 г. оставалось всего около 700 тыс.
Не менее жестоко работала папская партия в Моравии и Силезии, где конфискованные земли отдавались церкви, а «людские души» — католическим проповедникам, руководимым кардиналом Дитрихштейном, одновременно губернатором и епископом Ольмюца. В октябре 1624 г. появился приказ о принудительном принятии всем населением католического вероисповедания в определенный срок под страхом изгнания из Моравии, — на поблажку могли рассчитывать лишь отдельные дворянские семьи. Подобное же насилие происходило в Баварии и Пфальце, где искоренялись всякие следы протестантизма и иезуиты основывали свои школы и усиленно занимались пропагандой.