В других областях габсбургских владений папство настаивало на более решительной политике, чем в Чехии. Оно добилось в 1578 г. запрещения протестантской службы во всех городах Нижней Австрии, обязав в то же время всех горожан присутствовать на католических церемониях и причащаться по католическим обрядам. Те же начала восторжествовали в Верхней Австрии, в Штирии, Каринтии и Крайне, где будущий император Фердинанд II в качестве правителя этих областей с большой жестокостью подавлял всякую ересь и запретил даже дворянам занимать государственные должности, если они не исповедовали католическую религию. Особые полувоенные комиссии разъезжали по стране и не желавшим вернуться в католичество предписывали немедленно распродать имущество и, уплатив 10 % с вырученной суммы государству, покинуть его пределы.
Католическая политика Габсбургов распространилась и на Венгрию. Здесь, однако, ввиду вспыхнувшего в 1605 г. восстания и угрозы совместного выступления венгров с турками католицизму пришлось идти на уступки. В 1606 г. Габсбурги предоставили венгерскому дворянству свободу вероисповедания, исключительное право на занятие государственных должностей и право выбирать палатина, то есть наместника короля.
В 1608 г. в Агаузене по инициативе курфюрста Пфальцского Фридриха была образована уния для защиты интересов протестантизма. В ответ на это в 1609 г. в Мюнхене была создана католическая лига, организовавшаяся по инициативе иезуитов и задавшаяся целью уничтожить протестантов во всей империи и желавшая видеть на императорском троне воинствующего католика. Так как наиболее энергичным в деле насильственного насаждения католицизма был Фердинанд Штирийский, то иезуиты прилагали все старания к тому, чтобы именно он был избран в императоры.
Царствовавший с 1612 г. его двоюродный брат бездетный Матвей Габсбургский был безвольным человеком, лишенным всякой инициативы и самостоятельности. Папа Павел V (1605–1621) открыто посылал упреки по его адресу и выражал негодование, что в такое тяжелое время, когда протестантизм сильно свирепствует во всей империи, императорский трон занимает столь нерешительный и неавторитетный правитель, как Матвей. «Бесполезно избирать вместо умирающего императора больного; необходимо избегать кризисов, быстро следующих один за другим» — таков был лозунг католической лиги.
По инициативе папы Павла V все противники протестантов стали требовать признания наследником императора Матвея ярого католика Фердинанда Штирийского. Деятельность Фердинанда в Штирии и Каринтии, пятилетний курс обучения, пройденный им в «бульваре религии», как называли иезуитский университет в Ингольштадте, его покорность Григорию Валенсийскому, этому «ревностнейшему и ученому защитнику папской непогрешимости», и его увлечение «молотом еретиков» иезуитом Гретцером, чьи многочисленные выступления были резюмированы в знаменитой фразе: «Когда мы говорим о евангелии, мы имеем в виду папу», — все это служило достаточной гарантией, что Фердинанд Штирийский в качестве германского императора будет проводить политику, угодную Риму и католической лиге, и осуществит широкий план папско-иезуитской партии по борьбе с протестантами.
Для гуситской Чехии перспектива оказаться под властью иезуитского воспитанника Фердинанда Штирийского была особенно тягостна. Правда, свобода религии гарантировалась «грамотой величества», данной в 1609 г. императором Рудольфом II, напуганным венгерскими событиями 1605–1606 гг. Но гарантия потеряла значение со смертью в 1612 г. Рудольфа II, которому наследовал Матвей. Бездетность Матвея делала несомненным переход императорской короны к Фердинанду Штирийскому, и курфюрсты постановили еще при жизни Матвея, что все земли Габсбургов, в частности и Чехия, должны войти в состав империи. Гуситы, боясь воцарения Фердинанда, вели переговоры с кальвинистом-курфюрстом Пфальца Фридрихом относительно передачи ему чешской короны. Во избежание этого Фердинанд дважды заверял представителей Чехии, что он будет в точности соблюдать все уступки, сделанные некогда чешским гуситам. Эти заверения оказали свое действие, и 19 июня 1617 г. Фердинанд был чешским сеймом избран в чешские короли. Однако уже в ноябре 1617 г. последовал ряд нарушений прав гуситов. Чешские дворяне собрались на сейм протеста, но многие представители городов не были допущены на заседание. 21 мая 1618 г. вторично состоялся съезд с целью протестовать против политики Фердинанда, и когда представители власти явились в сейм с намерением, как предполагали, разогнать его, они были выброшены через окно в ров, окружавший здание сейма. Сейм избрал директорию из 30 членов: решено было немедленно организовать армию, иезуиты были изгнаны из Чехии, их имущество, как и имущество некоторых виднейших католиков, было конфисковано. Хотя император Матвей готов был вести переговоры с чехами, но Фердинанд, опираясь на поддержку Испании, настаивал на военных мерах против «неискоренимых еретиков».