Из-за этих двух герцогств в 1708–1709 гг. шла настоящая война между императорской армией и папской, причем последняя была разбита и город Комаччо был оккупирован, а его крепостные стены были снесены. Отлучение от церкви императора Иосифа I повисло в воздухе и было встречено общим презрением. В виде отклика на это отлучение появился резкий памфлет профессора богословия Иегера из Тюбингена, отрицавшего за папством право претендовать на светскую власть и называть себя «государем». Когда неожиданно умер в 1711 г. император Иосиф I, папа отправил во Франкфурт, во время выборов нового императора своего племянника кардинала Албани с протестом против избрания Карла VI Габсбурга.
Особенно энергично протестовал Климент XI (1700–1721) против передачи в силу Утрехтского мира острова Сицилии савойскому принцу Виктору Амедею II, получившему титул сицилийского короля и продолжавшему владеть Пьемонтом. Хотя папство выиграло от того, что сравнительно большое и сильное Неаполитанское королевство, в состав которого раньше входил и остров Сицилия, теперь его лиши — Я лось и, следовательно, представляло менее грозную опасность для соседней Папской области, Климент XI считал, что участники Утрехтского мира не имели права распоряжаться «папским» имуществом без разрешения папской курии.
Он не хотел поэтому признать нового, «чужого» короля. Это непризнание Виктора Амедея II сказалось в том, что церковь, ведшая обширную торговлю в Сицилии, отказалась платить торговые пошлины и иные взносы в пользу «савойских властей», а когда королевские чиновники приняли репрессивные меры против торговцев духовного звания, не желавших подчиняться законам страны, то епископ Сицилии, по соглашению с папой, стал отлучать от церкви сначала отдельных лиц, а затем муниципалитеты и высших представителей власти, угрожая Сицилии общим интердиктом. Но отлучения и интердикты мало влияли на новое правительство. Началась упорная борьба, и Виктор Амедей II, «к ужасу всего католического мира», арестовал несколько десятков монахов и священников. Многие были высланы за пределы нового королевства; среди высланных преобладали иезуиты, направляемые непосредственно в Папскую область. Вскоре улицы Рима кишели сицилийским духовенством. В Сицилии, наоборот, чувствовался недостаток в священниках, и правительство стало назначать собственной властью таких, которые, невзирая на папские запреты, готовы были исполнять свои обязанности по приказу короля. В опубликованной папой в 1715 г. булле Сицилия вычеркивалась из списка государств католического мира, лишалась папской милости и не могла больше рассчитывать на божью помощь. Король Виктор Амедей II запретил объявление этой грозной буллы в пределах своего государства, и между курией и Сицилией сложились отношения, которые сам Климент XI назвал войной.
Эта «война» отступила, однако, на задний план перед более грозными событиями. Дело в том, что Неаполь и Сардиния по Утрехтскому миру были уступлены Австрии, заручившейся поддержкой Климента XI, союзника и друга Испании, что владения эти не подвергнутся нападению со стороны Испании. Австрия была занята войной с Турцией и лицемерно-набожно выставляла себя защитницей интересов христианства, которому будто бы угрожала опасность со стороны мусульман. Однако, несмотря на заверения Климента XI, австрийские владения в Италии оказались под ударом Испании, ее войска высадились на Сардинии и заняли ее столицу Кальяри. Было объявлено что остров принадлежит испанскому королю Филиппу V Бурбону. Австрия обвинила папу в тайных кознях совместно с Испанией, направленных против австрийских владений в Италии, выслала из Неаполя папского нунция и прекратила дипломатические сношения с курией. Вместе с тем был наложен арест на огромные доходы, получаемые папой в Неаполитанском королевстве, и был запрещен вывоз денег из австрийских земель в Папскую область. Так Климент XI одновременно втянулся в конфликт с Сицилией и Австрией.
Дело было улажено лишь после вмешательства сильнейших государств Западной Европы.