В результате их вмешательства папа потерпел серьезный урон: его ленные права на Сицилию и Сардинию не были приняты во внимание, хотя Климент XI многократно, но безрезультатно протестовал против нарушения «самых священных прав» римского престола, Политическое поражение папство стремилось компенсировать хотя бы на фронте борьбы с наукой и передовой мыслью. Известный итальянский историк Пьетро Джанноне был отлучен папой от церкви за то, что выпустил нашумевшую книгу «История Неаполитанского государства» (1723 г.), над которой он работал 20 лет. Джанноне вынужден был бежать из Италии. В своей книге он резко осуждал с точки зрения интересов буржуазии Неаполя папскую политику, мешавшую росту материального богатства отдельных государств и требовавшую особых привилегий для служителей церкви. Джанноне выступил «во имя государственных интересов и государственных начал», под которыми в действительности скрывались интересы поднимавшейся буржуазии. Свой протест против «папской опеки» Джанноне повторил в посвящении императору Карлу VI, который, несмотря на свою преданность католицизму, решил исключить представителей духовенства из числа руководителей созданной им привилегированной компании для торговли с Индией. Проклятие, провозглашенное церковью по адресу автора «Истории Неаполитанского государства», и отлучение его оказались бессильными в борьбе с влиянием этой книги не только в Италии, но и за ее пределами, в особенности в католических странах. Иезуиты возбуждали толпу против Джанноне и распространяли слухи о решении «даже добрейших ангелов» наказать страну, осмелившуюся оказать гостеприимство «религиозному отщепенцу». Несмотря на эту агитацию, правительство Венецианской республики намеревалось предоставить Джанноне кафедру в Падуанском университете. Потребовалось личное вмешательство папы, уведомившего о своем шаге и венецианскую государственную инквизицию, чтобы не допустить такого «издевательства над религией», каким была бы, по словам папы, профессорская деятельность «беглеца» Джанноне.
Покинув Венецию, Джанноне нашел, казалось, надежное убежище в кальвинистской Женеве. Но иезуитские агенты обманным путем завлекли его на другой берег Женевского озера, на савойскую территорию. У савойских королей были частые конфликты с папством, и Джанноне сделался объектом торга. В ожидании результатов этого торга он просидел 12 лет в туринской цитадели, где написал ряд новых книг, разоблачавших прошлое папства и современную политику курии. В этой цитадели он и умер в 1748 г.
Судьба Джанноне не могла даже в Неаполе приостановить начавшееся сильное движение передовой мысли, требовавшей подчинения церковной политики государственным интересам и отказа от сохранения привилегии церкви. Когда в Неаполе в середине XVIII в. была открыта первая в Италии кафедра политической экономии, то руководитель ее Антонио Дженовези в своих лекциях и специальных работах доказывал, что во имя подъема благосостояния страны государство не должно допускать роста церковного землевладения, освобождения его от государственных налогов и распространения монашества. По мнению Дженовези, не может быть сомнения в том, что государство имеет право конфисковать недвижимое церковное имущество. Он оставлял открытым лишь вопрос о движимом богатстве церкви. Лучшим доказательством выросшего классового сознания итальянской буржуазии являются многочисленные отклики, вызванные выступлениями Дженовези, выразившего с большой силой растущую непримиримость буржуазии того времени к церковному засилью и реакции.
С поразительной энергией действовал «просвещенный абсолютизм» в Португалии, бывшей в течение долгого времени особенно излюбленным местом деятельности иезуитов. В Португалии вплоть до середины XVIII в. иезуиты занимали высшие должности, стояли во главе промышленных и торговых предприятий и фактически владели целой страной в Южной Америке (по течению рек Параны, Парагвая и Уругвая).
В заморских испано-португальских владениях иезуиты держали десятки тысяч человек в полном рабстве и принуждали их к занятию земледелием и скотоводством. Вскоре иезуиты захватили в свои руки почти всю торговлю в Южной Америке. Их суда, нагруженные парагвайским чаем, маисом, тростниковым сахаром, кожами, хлебом и табаком, направлялись в Буэнос-Айрес, Санта-Фе, Перу, Чили и Бразилию. Так как иезуиты пользовались привилегией свободы торговли и нигде во владениях Испании и Португалии не платили десятипроцентного налога — алькабалы, то они являлись опасными конкурентами и отовсюду вытесняли своих непривилегированных соперников.