В разгаре полемики между сторонниками усиления светских государственных начал и приверженцами установления церковной опеки над государством, на жизнь португальского короля было произведено покушение. Помбаль, служивший в течение нескольких лет центральной мишенью для нападок иезуитского ордена, обвинил в этом покушении иезуитов. Начались репрессии, главный удар которых был направлен против ордена. Много иезуитов было посажено в тюрьму, и их имущество было конфисковано; некоторые из них по обвинению в покушении на короля были казнены. В 1759 г. Помбаль издал указ, в силу которого все португальские иезуиты были схвачены, посажены на суда и отправлены в Папскую область. В 1761 г. была совершена конфискация движимого и недвижимого имущества ордена; папский представитель Ачайоли был выслан из Португалии. В том же году, по настоянию Помбаля, инквизиционный трибунал приговорил к сожжению патера Габриеля Малагриду, обвиненного в организации заговора против короля и даже в ереси. Дипломатические сношения между Римом и Португалией были прерваны. Подданные Португалии были высланы из Папской области, а подданные папы — из Португалии.
Климент XIII буллой «Apostolicum pascendi» от 1 января 1765 г. взял под свое покровительство иезуитский орден и резко порицал враждебное отношение к нему со стороны светских властей. Опубликование этой буллы было воспрещено не только в Португалии, но и во Франции, Неаполе, Венеции и Милане. Помбаль вступил в переговоры с державами о совместном обращении к папе Клименту XIII с целью добиться полного уничтожения ордена.
Обращение Помбаля встретило известное сочувствие, так как политика Климента XIII вызывала сильное недовольство. Незадолго до этого обращения на острове Корсике, принадлежащем Генуе, началось восстание. Генуэзское правительство не без основания утверждало, что повстанцев против Генуи возбуждало духовенство. Монахи, сочувствовавшие иезуитам и находившиеся в оппозиции к епископам, бывшим большею частью генуэзского происхождения, вели ожесточенную кампанию против генуэзских властей на Корсике. Епископы бежали в Геную, монахи же, а позднее и низшее духовенство примкнули к повстанцам и получили от их вождя Паоли ряд привилегий, одобренных Климентом XIII. Папа вступил в переговоры с Паоли как с «признанным главою» самостоятельного островного государства.
За Геную вступился Неаполь, однако — безрезультатно. Дело закончилось вмешательством в дела Корсики Франции. По свидетельству министра Пануччи, неаполитанского представителя при французском правительстве, у всех сложилось тогда мнение, что папа явно нанес удар независимой Генуэзской республике и вмешался в суверенные права чужого государства. Инцидент с корсиканским восстанием показал, что папство продолжало питать старую иллюзию о своей гегемонии над светскими государствами.
Вскоре возник новый конфликт. На этот раз дело касалось Пармы, на герцогском престоле которой с 1748 г. сидел представитель династии Бурбонов. В Пармском герцогстве две трети земли принадлежало церкви, которая претендовала на старые привилегии, освобождающие ее от каких бы то ни было платежей в пользу государства. Новый герцог, черпавший средства главным образом из земельных налогов своего маленького государства, не мог примириться с таким положением и добился согласия Бенедикта XIV на обложение налогом церковных владений.
Преемник Бенедикта XIV Климент XIII не только не думал об отказе от «своих» старинных прав, но считал уступки своего предшественника чрезмерными и потребовал от герцога прекращения взимания с церкви налога. Начались споры между Римом и Пармой. Вмешательство Франции и Испании не помогло ликвидации конфликта, и тогда герцог Пармы перешел в наступление. Церкви было запрещено приобретение новой земли; никто не имел права отныне искать суда за границей, то есть у римского папы; всякая земля, светская или духовная, должна была платить государству определенные налоги, размер которых устанавливался исключительно герцогской администрацией; всякого рода благотворительные учреждения подлежали контролю со стороны светской власти, а церковные бенефиции и другие доходные статьи могли передаваться исключительно жителям и уроженцам Пармы. Кроме того, всякие папские бреве, буллы, декреты и распоряжения должны были получить специальное разрешение пармского правительства, чтобы иметь силу в пределах Пармского герцогства.
В ответ на это папская булла от 30 января 1768 г. объявила «недействительным» все то, что «ущемило и оскорбило» интересы церкви в Парме. Согласно булле, виновники этих «опаснейших и позорнейших нововведений» подлежали отлучению от церкви, если они немедленно не отменят того, что они беззаконно совершили.