Протестантов, обычно крестьян и ремесленников, массами выселяли в Трансильванию, где они могли жить «по-своему». Эти пресловутые «трансмиграции» наводили ужас на страну, разоряли десятки тысяч людей и подрывали производительные силы Австрии. Но иезуиты крепко держали в своих руках организацию принудительного переселения, и духовник Марии Терезии иезуит Игнатий Кампмюллер являлся наиболее ревностным агитатором идеи «трансмиграции» с целью очистить Австрию от «язвы лютеранства» и целиком перенести ее в Трансильванию, где этих эмигрантов ожидали нищета и голод Иезуиты свили себе прочное гнездо в Австрии: их имущество оценивалось свыше 400 млн. гульденов; они имели 81 коллегию, 43 резиденции, 65 семинарий и так далее; цензура была в их руках. Они почти целиком овладели народным образованием: во главе 200 гимназий в годы царствования Марии Терезии находились иезуиты; все богословские кафедры в высших учебных заведениях принадлежали им; философия тоже была фактически их монополией. К истинному образованию они относились с презрением и ненавистью: «венцом» философии для них был Аристотель, преподавание истории ограничивалось XIII в., география вообще не преподавалась, не изучались живые языки, студенты, наизусть цитировавшие Цицерона и умевшие цветисто писать на латинском языке, писали безграмотно по-немецки. Эксплуатируя страну, превращая ее в своеобразную вотчину, иезуиты вместе с тем принимали меры предосторожности для охраны своего материального могущества.
Мария Терезия вынуждена была признать, что с 1757 г. иезуиты отправили в протестантскую Англию, Голландию и Лейпциг 40 млн. гульденов на случай «каких-нибудь неприятностей в католических странах». В то же время императрица констатировала, что внутри Австрии иезуиты ведут обширнейшую и разнообразнейшую торговлю: так, один дом св. Анны, торговавший лекарствами, шоколадом и вином, ежемесячно давал 3 тыс. гульденов дохода и тем, естественно, вызывал недовольство купечества.
Деятельность иезуитов в Австрии вызывала всеобщее недовольство. Под влиянием общественного мнения Мария Терезия отменила инквизицию в Ломбардии, взяла из касс братств 3 млн. гульденов и закрыла в Ломбардии 80 монастырей, несмотря на неоднократные протесты папы. Еще до этого, несмотря на сопротивление Рима, было объявлено, что отныне ни одна папская булла не может печататься в Австрии без разрешения государственной власти, что все духовные распоряжения подлежат контролю светской власти, а в бревиариях необходимо заклеить и впредь не печатать слова папы Григория VII о праве папства низлагать государей. В 1768 г. было отменено папское согласие (индульт) на обложение монастырей государственными податями, а церковные земли, которые раз в 15 лет делали добровольный взнос государству в размере 2 млн. гульденов, были приравнены к дворянским землям и наравне с ними обложены. Вскоре в Австрии был приостановлен количественный рост монастырей, установлен 24-летний возраст для лиц, дававших монашеские обеты, закрыты были монашеские тюрьмы, духовенству запрещалось отправлять за границу без разрешения значительные денежные суммы, не разрешалось открывать новые братства, брачные дела отныне разрешались только епископами, и личное обращение в Рим за отменой брачных препятствий было запрещено. Поступая в монастырь, никто не мог вносить вклада свыше 1500 флоринов; завещания в пользу монастырей были объявлены недействительными. Монах и священник не могли быть свидетелями при завещаниях, настоятели не могли распоряжаться имуществом монахов, подвергать их тяжелым наказаниям. Ограничено было право убежища и для преступников. В цензурный комитет были введены представители светской власти, и дело народного образования постепенно изымалось из рук духовенства. Король Пруссии Фридрих II писал, что императрица не смешивает политику с духовными делами и не закрывает глаза на собственные свои интересы.
Гораздо смелее по пути освобождения государства от папской опеки и церковного тунеядства пошел сын Марии Терезии император Иосиф II. Он прежде всего уничтожил все 642 братства, существовавшие тогда в Австрии. Иосиф считал их «бесполезными для общества, а потому неугодными богу», их имущество было конфисковано и передано благотворительному обществу. Точно так же Иосиф II отнесся к орденам «созерцательной жизни» и закрыл 738 их монастырей, оставив, впрочем, еще около 1450 других монастырей. Имущество закрытых монастырей было передано в религиозный фонд, из которого черпались средства на содержание церквей, монашеских пенсий и благотворительных заведений. Ценность отобранных у монастырей имений и драгоценностей выражалась в сумме 17092 тыс. гульденов, причем отсутствуют точные сведения из Моравии, Чехии и Тироля.