Решительность Иосифа II привела папство в тем большее смущение, что никакие увещевания нунциев и протесты Рима не могли сдержать энергии Иосифа II и его министров. В 1782 г. папа Пий VI (1775–1799) лично предпринял поездку в Вену, чтобы непосредственно повлиять на «дерзкого» императора. Хотя Иосиф принял папу с большим почетом и ответил ему визитом в Рим, церковная политика императора осталась прежней, и власть Рима над австрийским духовенством все более и более ограничивалась: отныне будущим священникам запрещалось даже учиться в Риме в «Германской коллегии» (последняя была перенесена в Павию и находилась под надзором светской власти). Место черной армии Рима должно было занять белое духовенство, связанное тесными узами с государством, которое стало готовить в «своих» семинариях «здравомыслящих» духовных лиц. Мало того, богослужение подлежало упрощению; отменены были «отзывавшиеся суеверием» обряды, запрещены паломничества, изменены границы епархий и приходов, учреждены новые, и даже введен был новый молитвенник с гимнами. Священник превращался в чиновника духовного ведомства, был поставлен под контроль светского начальника, обязан был разъяснять верующим правительственные указы и во всем помогать светским чиновникам. Жалованье духовенство должно было получать от казны, и епископская присяга была изменена в том смысле, что в новой формуле заняло надлежащее место обещание быть верным императору, тогда как прежняя формула выдвигала на первый план верность папе. Завершением церковной реформы Иосифа II был так называемый патент о веротерпимости; веротерпимость была предоставлена лютеранам, кальвинистам и православным.
Католики встретили крайне враждебно этот патент, и духовенство вместе с крупными землевладельцами вело яростную агитацию против «безбожного патента». Во многих местах духовенство долго бойкотировало акт о веротерпимости. Так, в Виллахе протестантским священникам запрещали хоронить протестантских детей, так как «дети не могут быть причислены к протестантам». В других местах прибегали к организации протестантских погромов. Успеха, однако, эта агитация против веротерпимости не имела, так как крестьянство определенно сочувствовало протестантам: число последних в течение первых пяти лет после патента о веротерпимости увеличилось на 34 тыс. человек.
Иной оборот приняла политика Иосифа II в Бельгии, присоединенной по Утрехтскому миру 1713 г. к Австрии. Иосиф вел здесь ту же политику централизма, подчинения духовенства светской власти, недопущения вмешательства Рима, насильственного насаждения «более высокой» германской культуры. В противоположность Австрии, в Бельгии ему пришлось столкнуться с сильной оппозицией, в которой переплетались социальные, религиозные, национальные и политические интересы разных классов и прослоек. Опасность распространения на Бельгию проведенных в Австрии реформ объединяла отсталую крестьянскую массу с ее злейшим врагом, с крупным землевладением, и естественным вождем этого неестественного союза стало духовенство, которому церковная политика Иосифа наносила очень чувствительный ущерб. На это демагогическое движение Иосиф II ответил обычными кровавыми репрессиями, которые не только не подавили движения, но увеличили его размеры и в конце концов привели к тому, что почти вся Бельгия отпала от Австрии, низложила Иосифа II и провозгласила республиканскую конституцию, которая отдала всю власть дворянству, духовенству и богатой верхушке некоторых крупных городов. За новую конституцию вело особенно энергичную агитацию бельгийское духовенство; «для устрашения врагов религии и отечества» оно организовало по инициативе мехельского архиепископа всенародную петицию. Петиция начиналась словами: «Объявим изменниками отечества тех, которые стремятся ввести какие-либо изменения в религии или конституции». Петиция собрала в короткое время 200 тыс. подписей. Множество крестов на этой петиции, по свидетельству бельгийского историка XIX в. Борнье, говорило о том, какой, собственно, слой народа так опасался за религию: «то была темная народная масса, находившаяся под влиянием фанатиков католицизма, которых всегда так много в нашей Бельгии». Во многих местах Бельгии организовались группы «истинных бельгийцев», от их имени выпускались прокламации, требовавшие уничтожения иностранцев, безбожников и просветителей. Движение это пользовалось тайной поддержкой папы Пия VI. Он за семь лет до этого приезжал в Вену к Иосифу II, чтобы убедить его в опасности его политики, — теперь Пий VI торжествовал победу над императором, которого бельгийские Генеральные штаты провозгласили низложенным.
Политика Пия VI была грозным предупреждением и Франции, где в этот момент заседало Учредительное собрание французской революции, которому вскоре пришлось столкнуться с папством, только что одержавшим победу над австрийским императором «безбожным» Иосифом II.