Еще до объявления войны Франции союзом феодально-монархических государств Пий VI обратился с личным письмом к Екатерине II, убеждая ее создать монархическую солидарность в деле защиты неприкосновенности территории всех государей. При этом папа не забыл напомнить, что он «вопреки всякому божескому и человеческому закону» сам лишился Авиньона и Венессена и во имя «легитимности» требовал возвращения церкви этих двух областей. За письмом к Екатерине последовали послания к австрийскому императору и сардинскому королю. Папа умолял их «держаться друг за друга» и не допускать «никакой узурпации» прав законных королей; он намекал на ошибки «философов-монархов», недостаточно ценивших важное значение монархической солидарности. Деятельность Пия VI побудила Конвент потребовать от папы «сложить шпагу», а появление эскадры вице-адмирала Трюге у берегов Папской области свидетельствовало, что республиканское правительство Франции решило принудить Пия VI прекратить сколачивание единого контрреволюционного фронта. В этот момент Пий обратился с мольбой о спасении принципа легитимизма к главам двух некатолических держав — к Екатерине II и к Георгу III. Россия и Англия в этот момент угнетали две католические страны — Польшу и Ирландию, которые обращали взоры к Пию VI в то самое время, когда он протягивал руку их угнетателям.
Активная участница иностранной интервенции, католическая церковь во Франции, естественно, должна была поплатиться за свою антипатриотическую и контрреволюционную деятельность. Наступил период дехристианизации, провозглашения культа Разума и Верховного существа.
Антирелигиозная политика якобинцев вызвала недовольство среди отсталых слоев крестьянства, подстрекаемых клерикалами. Стремясь предотвратить использование этого недовольства в интересах контрреволюции, якобинцы несколько смягчили антикатолическую и антицерковную политику, хотя и не прекратили преследование той части духовенства, которая сотрудничала с внешней и внутренней контрреволюцией.
После контрреволюционного переворота 9 термидора 1794 г. и падения якобинцев к власти пришла «новая» буржуазия, которая не была клерикальной и даже враждебно относилась к старой привилегированной церкви. Тем не менее общая реакция сказалась и на церковной политике Конвента. Уже закон о свободе культов, принятый в феврале 1795 г. и предоставлявший право богослужения и не присягавшим священникам, показал, что Конвент сделал сильный крен вправо.
Реакционное духовенство воспользовалось этим и стало выступать еще более смело. В разных местах Франции организовывались контрреволюционные террористические общества, из которых «Компания Иисуса», одновременно религиозная и монархическая, пользовалась наиболее печальной известностью. Депутат Шенье характеризовал в Конвенте «иисусников» как притон эмигрантов, сосланных священников и мерзавцев, готовых продать себя первому авантюристу. По его словам, вооруженные кинжалами монархисты и горящие жаждой мести фанатики открыли на юге республики эру Варфоломеевской ночи. Новая Вандейская война побудила даже термидорианскую буржуазию, сохранившую принцип отделения церкви от государства, усилить надзор над священниками и наказать тех, которые вне стен церквей ведут антифранцузскую, контрреволюционную пропаганду. Вандейские войны — войны, которые вела революционная Франция в конце XVIII в. против контрреволюционных мятежников (дворянство, часть крестьян), сосредоточенных главным образом в департаменте Вандея и других районах Западной Франции. В организации контрреволюционных мятежей духовенство принимало самое активное участие. Под новой Вандейскои войной подразумевается восстание, вспыхнувшее летом 1795 г. в связи с высадкой отряда эмигрантов английским флотом на побережье Наполеон верил в легкое превращение папизма из феодального орудия в орудие господства буржуазии. Несмотря на интриги Пия VI и церковной верхушки, Наполеон был готов идти на соглашение с католицизмом. Но церковь истолковывала всякую уступку Наполеона как проявление его слабости. В самом конце 1797 г. в Риме вспыхнуло народное восстание против светской власти папы. Во время столкновения папских войск с республиканцами был убит французский генерал Дюфо. Это убийство было использовано французским командованием для вмешательства в развернувшуюся борьбу. Войска Пия VI были разбиты, французские войска заняли Рим, папа был лишен светской власти, и в феврале 1798 г. была провозглашена Римская республика. Пий пытался скрыться в Тоскане, но был настигнут и отправлен во Францию, в крепость Валанс, где он и умер в 1799 г.