Поездка эта ничего утешительного «наместнику святого престола» не принесла. Поездка папы в Париж на коронацию Наполеона состоялась в 1804 г. Наполеон наотрез отказался пересмотреть «Органические статьи» и фактически нарушил конкордат. Наполеон, выставляя себя «покровителем святого престола», все более стремился превратить папу в послушное орудие. Новый конфликт с Наполеоном разгорелся в связи с отказом папы присоединиться к континентальной блокаде. Наполеон двинул свои войска в Папскую область, и в феврале 1808 г. французы заняли Рим. В мае 1809 г. Рим был провозглашен «свободным городом», а папские владения были присоединены к Франции. В ответ на это папа издал буллу об отлучении Наполеона. После этого в начале июля 1809 г. французские солдаты по приказу Наполеона вторглись в папский дворец Квиринал, захватили Пия VII и увезли его из Рима как пленника, поместив в конце концов в дом префекта в Савоне, в котором он жил под строгим надзором. Затем папа был перевезен в Фонтенбло, где и пробыл в качестве пленника Наполеона до падения империи.
В тот момент, когда Наполеон после своего отречения от власти отправлялся на остров Эльбу, почтовая карета, в которой находился Пий VII, подъезжала к Имоле. Навстречу папе вышел неаполитанский король Мюрат, чтобы приветствовать в лице Пия VII торжество старого порядка и гибель революции. Вслед за Мюратом, по мере приближения папской кареты в мае 1814 г. к Риму, к Пию VII на поклон являлись и другие монархи. Это был праздник не столько Пия VII, сколько монархов старого режима. Папа мог убедиться, что по-прежнему интересы алтаря тесно переплетаются с интересами трона. Возврат к прошлому не мог ограничиться восстановлением лишь тронов; должно было быть восстановлено полностью и господство религии. Политическая реставрация должна была носить религиозный характер.
Многочисленные приветствия, полученные римской курией от протестантских королей и владетельных особ, подчеркивали связь между политической реакцией и религией. Политический характер религии, являющейся оплотом «общественного порядка», красноречиво выразил французский писатель и пьемонтский государственный деятель Жозеф де Местр (1754–1821). Объявляя революцию «сатанинской» затеей, де Местр видит в ней искупительную жертву за многочисленные грехи, совершаемые людьми. Вот почему и в «сатанинской» революции, поскольку это зло способствовало очищению, проявлялась «божественная благодать». Но почему страдают зачастую не грешники, а добродетельные люди? На это де Местр отвечает ссылкой на органическую солидарность всех существ: страдания одних искупают грехи других. Во имя их искупительного характера де Местр защищает самые суровые наказания и воспевает инквизицию и железный кнут римской курии; во имя того же искупительного характера наказания де Местр преклоняется перед абсолютизмом и требует беспрекословного и слепого подчинения законной власти, являющейся всегда божественной властью. Законно-религиозная власть ничего общего не имеет с насилием, потому что она священна, исходит от бога. Какие могут быть ограничения в отношении божественной власти? По де Местру, главная верховная власть в христианском мире — власть церковная, сосредоточенная в папе, она не может не быть выражением «абсолютного полновластия». Борец за идею «абсолютного полновластия» папства, де Местр является ярым проповедником ультрамонтанства. Он даже приписывает папству непогрешимый догматический авторитет. Однако, по его мнению, не должно быть места конфликту между светской и духовной властью. Обе они должны объединиться во имя сохранения «легитимного» порядка, на котором «почиет божественный дух». Трон и алтарь, пережившие черные дни «безбожной революции», отныне навеки сливаются друг с другом.
Одним из наиболее ранних проявлений сотрудничества между светской и духовной властью было восстановление иезуитского ордена. Разогнанные в 1773 г. иезуиты нашли приют в других орденах, главным образом в ордене Отцов веры. Но их деятельность носила тайный характер, за исключением России, в которой Екатерина II не допустила реализации папской буллы 1773 г. То же сделал и протестантский король Пруссии Фридрих II.