После смерти папы Климента Священная коллегия избрала понтификом кардинала Алессандро деи Медичи; тот принял имя Льва XI (1605). Именно ему во многом принадлежала заслуга того, что Климент снял отлучение с Генриха IV; после этого он два года провел во Франции в качестве папского нунция. Он отличался искренним благочестием и острым умом, так что, вероятно, из него получился бы превосходный папа; однако ему уже перевалило за семьдесят, и он успел провести на троне всего двадцать шесть дней, а затем внезапно скончался от простуды. Король Генрих, который потратил 300 000 скудо, чтобы обеспечить его избрание, был отнюдь не в восторге. Льву наследовал сиенец, кардинал Камилло Боргезе; ему исполнилось всего пятьдесят два года, и можно было ожидать, что его правление продлится долгое время. Ему оказалось суждено провести на троне шестнадцать лет.
Папа Павел V (1605-1621), как он решил назваться, был столь же благочестив, сколь и его предшественник, но далеко уступал ему в уме. Он совершенно не способен был понять, что папство в настоящее время приобрело статус одной из европейских держав и от средневекового идеала абсолютного господства папского престола лучше отказаться. Павел, однако, попытался следовать ему и немедленно столкнулся с соперником в лице Венецианской республики. Венецианцы вовсе не думали о том, чтобы поставить под вопрос свой долг повиновения Святому престолу в вопросах веры; в то же время свою политическую независимость они считали священной и неприкосновенной. Кроме того, само существование их города зависело от международной торговли; как можно было ожидать, что они станут подвергать дискриминации еретиков — тем более что прежде они не поступали так с неверными?
Уже при Клименте VIII они одержали несколько побед. Несмотря на значительное давление со стороны Святого престола, они сумели отстоять свои права на городок Ченеда (ныне Витторио-Венето); затем в 1596 году венецианские печатники и книготорговцы каким-то образом добились заключения особого конкордата, позволявшего им продавать — правда, на особых условиях — книги из Индекса. Когда Климент выразил республике порицание за то, что она позволила сэру Генри Уоттону привезти с собой протестантские богослужебные книги и молиться по англиканскому обряду в его домовой часовне, Венеция решительно отвечала: «Республика никоим образом не может обыскивать багаж английского посла, ибо об этом человеке известно, что он ведет тихую и безупречную жизнь и никогда не совершал никаких скандальных поступков». Папа не настаивал, и сэр Генри, никем не тревожимый, продолжал молиться на прежний лад в течение всех четырнадцати лет своей службы в качестве посла в Венеции.
Павел V, однако, отличался куда менее сговорчивым характером. Теперь папские легаты, как никогда прежде, часто искали аудиенций дожа, дабы уговаривать и убеждать его. Почему сенат недавно запретил строительство новых религиозных сооружений в городе без специального разрешения? Напрасно венецианцы доказывали, что стало невозможно содержать в порядке даже существующие храмы и монастыри, которые уже заняли половину города: подобные нехитрые аргументы просто не принимались во внимание, и сообщения от папы начали звучать в новом, угрожающем тоне. Таким образом, с самого начала правления нового папы две силы вступили в непримиримое противоборство. Венецианцы изо всех сил старались сохранить со Святым престолом хорошие отношения и даже включили фамилию Боргезе в списки родовитых семей города; но долго сохранять вежливую мину им не удалось.
Гроза разразилась в конце лета 1605 года, когда двое высокоученых клириков (впоследствии выяснилось, что один из них вовсе не был священнослужителем) подверглись обвинению со стороны венецианских властей: один — в неоднократных посягательствах на честь своей племянницы, другой — в «убийствах, мошенничестве, насилии и всевозможных жестоких действиях в отношении своих подчиненных». В обоих случаях Совет десяти отдал приказ начать немедленное расследование и взял на себя ответственность за суд над преступниками и их наказание. Папа немедленно ринулся в атаку. Эти двое заключенных, возражал он, были клириками и, следовательно, находились вне юрисдикции республики. Их немедленно следует передать церковным властям.
Спор продолжался в течение всей осени; затем в декабре папа отправил дожу два бреве. Одно касалось вопроса церковной собственности, другое — двух клириков. Если Венеция, во-первых, не аннулирует немедленно свои постановления и, во-вторых, не выдаст обоих заключенных, проклятие церкви падет на нее. Нечего и говорить, что венецианцы не собирались делать ни того, ни другого. Но время, когда конфликт можно было бы уладить дипломатическими методами, прошло. Теперь, чтобы представить сложившуюся ситуацию всему миру, республике требовался эксперт в области канонического права, одновременно сведущий в теологии, диалектике, политической философии, полемист, способный вести спор со всей необходимой ясностью, вооружившись логикой. Сенат не медлил: он послал за Паоло Сарпи.