Кардинальская коллегия лихорадочно искала поддержки у монархов Европы. Она уверяла Павла I, что покойный Пий VI считал русского императора лучшим защитником церкви, а потому ему следует взять в руки осиротевшую церковь. Императору Францу I писали, что враги церкви являются и его врагами, намекая, что слишком много коронованных голов могло убедиться, как быстро рушится мощь монархов и как стремглав падает авторитет религии. Бродившему по Европе в поисках короны брату казненного Людовика XVI говорили, что те самые руки, которые обагрились королевской кровью, причинили только что смерть святому отцу, а потому Бурбон должен помнить, что трон крепок лишь тогда, когда крепка церковь. Опираясь на помощь антифранцузской коалиции, католическая иерархия добилась изгнания французских войск из Рима, уничтожения Римской республики и восстановления в июле 1799 г. светской власти папы. Вскоре Наполеон снова завоевал Италию. Избранный конклавом в Венеции в 1800 г. новый папа Пий VII (1800–1823), вступив во владение Папской областью, фактически оказался игрушкой в руках Наполеона.
Наполеон видел в религии не тайну воплощения, а тайну социального порядка: «религия связывает идею равенства с небом, что мешает бедняку убивать богатого». Ради этого «богатого» можно было идти навстречу «какому угодно папе», и Пий VII не составлял исключения. Он должен был лишь внушать «беспокойным элементам» Франции мысль о небесном равенстве, доставляющем вечное блаженство, а не мимолетные радости. Такое внушение тем важнее, что общество, по мнению Наполеона, не может существовать без неравенства богатства, а это неравенство не может существовать без религии. Стремясь использовать в своих политических целях католическое духовенство во Франции, Наполеон искал соглашения с Пием. Он отправил к нему уполномоченного для переговоров, дав инструкцию: говорить так, как будто Пий распоряжается армией в 200 тыс. человек.
15 июля 1801 г. между Наполеоном и Пием VII был заключен конкордат «как для блага религии, так и для охраны внутреннего спокойствия» Франции. Конкордат состоял из 17 статей. Введение гласило: «Правительство признает, что католическая, апостолическая, римская религия является религией значительного большинства французских граждан. Его святейшество признает, что эта религия получила и надеется получить величайшее благо и блеск от установления католического культа во Франции и особенной веры в него консулов республики». Конкордат превратил духовенство во Франции в полицейский орган, обязанностью которого было не только охранять «общественное спокойствие», но и доносить на тех, которые его нарушали. Как всякий другой охранительный орган, церковь была принята на содержание государства, гарантировавшего обеспечить ее «подобающим образом» с правом получать дотации от всех граждан при содействии властей. Жалованье духовенству, выплачивавшееся государством, должно было в какой-то мере возместить утрату церковных имуществ, конфискованных и распроданных во время революции. Эти имущества были признаны законной собственностью их новых владельцев.
К. Маркс писал, что «господство попов как орудия правительства», это наполеоновская идея. Помимо духовенства бонапартизм находил опору в солдатчине, в жандармерии. Духовный жандарм, наравне с обычным, содействовал осуществлению целей Наполеона, и понятно его стремление идти на прочный мир с церковью. В основном конкордат 1801 г. действовал до 1905 г., когда во Франции был проведен закон об отделении церкви от государства и конкордат был отменен.
Война, объявленная Пруссией Франции, кончилась победой последней, потребовавшей уступки для себя левого берега Рейна. За эту огромную территорию Франция обещала раздать пострадавшим государствам духовные княжества. Открылась перспектива грандиозной секуляризации. Разгорелись аппетиты: князья, короли, император вырывали друг у друга владения духовенства, вступали между собою в жестокие конфликты, делали Францию третейским судьей в своих спорах и тем укрепляли влияние и мощь Франции внутри Германии. В общем были секуляризованы 118 духовных «государств», насчитывавших 3 млн. человек и дававших 21 млн. гульденов ежегодного дохода. Из духовных княжеств сохранились лишь Майнц и мальтийский орден. Последний спасся благодаря тому, что русский император Павел I, мечтая превратить его в центр борьбы против революционных движений, стал гроссмейстером этого ордена и даже выпустил манифест «Об установлении в пользу российского дворянства ордена св. Иоанна Иерусалимского» с резиденцией в Петербурге.