Так как секуляризация 1803 г. сильно ударила по католической церкви, то православный царь Александр I хлопотал перед Наполеоном о смягчении последствий этого мероприятия. Особую активность проявил русский посол в Париже Марков, ведший одновременно переговоры с Пием VII и с майнцским архиепископом. Так как и Наполеон дорожил контрреволюционной службой церкви, то было решено выдавать князьям-епископам ежегодную пенсию от 20 до 60 тыс. гульденов. Эта милость в отношении «ограбленных» не могла лишить секуляризацию 1803 г. ее значения, состоявшего, в частности, в том, что она перемешала католическое население с протестантским. Смешение протестантов с католиками, зачастую становившимися подданными протестантских князей, и установление постоянного делового и общественного контакта между представителями разных религий стирали искусственные преграды, создававшиеся реакционным католицизмом, и превращали в «немцев» тех, которые ранее были «лишь католиками». Так «рецесс» (закон о проведении секуляризации 1803 г.), продиктованный французами, сыграл роль в подготовке почвы для немецкого национализма, который менее всего был в интересах французской буржуазии.
Подорвав материальную базу католического духовенства, секуляризация нанесла и политический удар церкви. До 1803 г. западная и южная германская знать заполняла младшими членами своих семей капитулы. Духовная карьера была и почетна и выгодна, тем более что одно и то же лицо могло занимать одновременно несколько духовных «престолов». Избирая князей-епископов, капитулы, естественно, стремились использовать свое положение выборщиков и связывали епископов особыми обязательствами: без согласия капитула епископ не имел права предпринимать какие-либо серьезные шаги, и если епископ в чем-либо нарушал обязательство, то капитул жаловался папе, а епископ искал помощи у императора. Отсюда постоянное вмешательство в жизнь этих княжеств и папы, и императора. На этой почве у части духовенства укрепилось стремление к независимой «национальной» церкви (фебронианство), а у другой ультрамонтанство, то есть слепое повиновение Риму и игнорирование интересов «национальной» церкви. Фебронианство (от Феброний — псевдоним немецкого католического богослова Иоганна Николая Гонтгеима (1701–1790) — течение в немецком католицизме, выступавшее за создание «национальной» немецкой католической церкви, частично свободной от вмешательства папы.
Уничтожение суверенности духовных территорий положило конец совмещению духовной власти с высшей светской, подорвало значение капитулов и умерило тягу аристократических семей к духовной деятельности, как преддверию к особенно выгодной в материальном и политическом смысле карьере. Отныне каноник должен был оставаться всю жизнь каноником; в лучшем случае он мог стать епископом, перед которым, однако, уже не открывалась перспектива большой политической деятельности. Роль духовенства была умалена и поставлена в определенные рамки церковной жизни, которая не была столь заманчива для виднейших аристократов Германии. Этим объясняются изменения в социальном составе южного и западного германского духовенства, которые начались после секуляризации 1803 г.
Устранение из имперского сейма князей-епископов подорвало перевес католиков в жизни Германии и увеличило значение в ней протестантизма к выгоде буржуазных элементов. То обстоятельство, что этот шаг был сделан несмотря на энергичное сопротивление папства, лишь подчеркивало историческое значение секуляризации. Секуляризация била также и по духовному влиянию церкви: закрытие 18 католических университетов, множества монастырских гимназий, школ и училищ было неизбежным следствием крушения материальной базы католической церкви, а результатом изъятия из рук духовенства цензуры, монополии на образование, книгопечатание и книжную торговлю было падение влияния католицизма во всей Германии.
Ослабление позиций католицизма в Германии происходило одновременно с ухудшением отношений между папой и Францией.
В 1802 г. Наполеон издал так называемые «Органические статьи», ставившие католическое духовенство под сильный контроль государства, вплоть до того, например, что епископам, без согласия правительства, запрещалось собирать в пределах Франции собор или синод; им также запрещалось без специального разрешения выезжать за пределы своей епархии, тем более в Рим. «Органические статьи», по существу, шли вразрез со многими положениями конкордата и не могли не вызвать недовольства папы. Между Пием VII и правительством Наполеона началась дипломатическая переписка, в ходе которой отношения между двумя странами все более ухудшались. Многочисленные протесты папы не изменили политики Наполеона в отношении католической церкви во Франции. Недовольство римской курии еще более усилилось в связи с изданием Наполеоном декрета о роспуске религиозных орденов. И все же, опасаясь гнева Наполеона и надеясь уладить при личной встрече отношения с правительством Франции, Пий VII согласился на поездку в Париж, где он должен был короновать Наполеона императорской короной.