Однако повстанцы, ряды которых состояли помимо солдат из беднейших городских элементов и обезземеленных крестьян, встретили сильнейший отпор со стороны итальянского духовенства с папой во главе. С помощью своих колонов церковь подавила восстание под предлогом, что лангобарды станут хозяевами Италии, если византийская власть будет свергнута.
В действительности же церковь боялась за свои богатства: как раз в момент восстания папа Григорий I требовал неукоснительного платежа крестьянских налогов. Восстание, подавленное не столько силами Византии, сколько римским духовенством, показало лангобардам, давно зарившимся на итальянские земли Византийской империи, ее беспомощность. Неудивительно поэтому, что они продолжали свои завоевания, тем более что население Италии, терпевшее от тяжких налогов империи, не оказывало сопротивления лангобардам. Даже Рим, в лице папы Григория I, неоднократно откупался от лангобардов крупными суммами денег: так, в 598 г. он внес «варварам» 500 фунтов золота это был далеко не единственный случай подобного спасения Рима от лангобардской опасности. Отдельные императорские гарнизоны, немногочисленные и разбросанные по городам, были совершенно недостаточны для защиты от лангобардов, и в стране стали возникать пограничные военные поселения с маленькими крепостями.
Военные поселения образовывались на земле крупного землевладельца, и последний обычно становился (вначале «выбирался») трибуном, управляющим поселением. Постепенно вся власть — не только военная, но и судебно-административная — перешла из рук византийских чиновников в руки крупных землевладельцев. Так как церковь владела огромными землями, то и епископы становились трибунами, приобретая права и обязанности последних.
Являясь крупными земельными магнатами, владения которых находились во многих местах, папы все более подчеркивали свои притязания на власть во «всей церкви», именуя себя «консулами бога», «рабами рабов божьих», которым передана забота о всех христианах. Это неизбежно сталкивало папу с империей. Григорий I не хотел мириться с привилегированным положением константинопольского патриарха и претендовал на право принимать апелляцию на него. С этой целью он подстрекал антиохийского и александрийского епископов к сопротивлению распоряжениям константинопольского патриарха. Папы отрицали титул «вселенский», присвоенный «вопреки всем законам» патриархом столицы империи, и убеждали византийского императора удалить из церкви этот «безбожный и гордый титул», заявляя, что может существовать лишь титул «верховного епископа», на который законно претендует лишь один римский епископ, являющийся главой всей церкви, в качестве прямого преемника апостола Петра.
Григорий I своими сочинениями и, в частности, своей популяризацией идей «блаженного» Августина оказал большое влияние на средневековую мысль. У Августина папство заимствовало идею о том, что «церковь христова» целиком и полностью сливается с «истинным Римом» — «мировой божьей державой»; Рим же олицетворяется римской кафедрой, созданной «князем апостолов», который претерпел мученичество в Риме.
В богословских сочинениях Григория I повторяются грубые мистические идеи Августина, его суеверные представления о происхождении мира, о небе, земле и боге. Они были объявлены истинной верой, обязательной для всех христиан, подобно «продиктованному святым духом священному писанию».
Григорий I и его преемник навязывали верующим мысль о том, что церковной службой — мессой — церковь воздействует на бога, помогая людям освободиться от грехов и «спастись».