Для достижения этой цели Иннокентий углублял княжеские междоусобицы, возникшие в связи с вопросом об избрании нового германского императора после смерти Генриха VI. Папа «освобождал» князей, епископов и даже отдельных горожан от присяги императору и призывал всех поддерживать лишь того кандидата, который признает за папством право утверждения и даже избрания германского императора, Одним из аргументов Иннокентия III против брата Генриха VI — Филиппа Швабского, избранного князьями императором, служила «забота» папства о «свободе» германского народа. Если Филипп станет императором, утверждал Иннокентий, то этим путем упрочится в Германии династия Гогенштауфенов[35]
и «свобода Германии», заключающаяся в праве князей избирать по собственной воле императора, погибнет и уступит место наследственной монархии, что явится смертельным ударом для германской свободы. После долгих лет смуты и интриг князья уже после смерти Иннокентия III провозгласили императором Фридриха II Гогенштауфена, сына Генриха VI, который еще до своего избрания в Германии был уже сицилийским королем. Под властью нового императора, таким образом, оказались не только Германия, но и Северная Италия и Сицилия, чего более всего опасался Иннокентий III. Папская область оказалась окруженной враждебными силами.Однако еще Иннокентию III удалось получить от Фридриха II ленную присягу в отношении Сицилии. Мало того, Фридриху пришлось уступить папству и ряд привилегий в нарушение Вормсского конкордата. Отныне папа мог заявить, что в Германии избрание епископов совершается «исключительно свободно», т. е. без вмешательства светской власти. Между тем епископы представляли в Германии огромную силу: они были не менее могущественными, чем самые сильные князья. На их землях в Майнце, Кельне, Трире, Зальцбурге, Вюрцбурге и т. д. сидели сотни и тысячи вассалов и сотни тысяч крепостных и зависимых крестьян. В те времена земля «служила», и в распоряжение духовных князей поступали материальные средства и военные силы. Обширнейшие архиепископские и монастырские земли выпадали из-под власти императора и в военном смысле, и в финансовом. Поэтому предоставление папе права назначения духовных князей равносильно было подрыву императорской мощи и созданию грозной опасности внутри империи со стороны зависимых от папы прелатов церкви.
Борьба с империей не мешала Иннокентию III подавлять еретические движения, охватившие Южную Францию и итальянские города. Стремившиеся к независимости итальянские города-коммуны отвергали не только императорскую власть, но и папскую, и Иннокентий подвел это движение под категорию ереси, опасной для католической веры. Ряду городов была объявлена война, и если она не приняла в Италии широкого размаха, то лишь потому, что папа вынужден был считаться с возможностью обращения городов за помощью к императору. Иначе обстояло дело на юге Франции, где значительная часть крупных землевладельцев была вовлечена в торговые обороты с Востоком и где создалась богатейшая земельно-торговая знать, стремившаяся к полной независимости как от французского короля, так и от римского папы. Здесь Иннокентий мог без всякой оглядки действовать против «еретиков», получивших название «альбигойцев», от имени города Альби, одного из главных центров ереси катаров.