Провал этих заговоров побудил Иннокентия IV предложить духовным и светским князьям Германии избрать нового короля при жизни старого. С этой целью из Рима были отправлены огромные суммы королевским выборщикам с указанием, чтобы они немедленно голосовали за ландграфа Генриха из Тюрингии, известного под именем Распе. За это избрание Иннокентий IV обещал простить все совершенные избирателями грехи. Представитель папы, явившийся с этим поручением в Германию, угрожал духовным князьям лишением должности и бенефициев, а также всякого рода духовными и светскими карами, если они откажутся выдвинуть кандидатуру Распе и провести его в короли, а затем и в императоры. Напуганные угрозами и соблазненные подарками, духовные и светские князья империи 22 мая 1246 г. избрали королем Распе; не голосовавшие за него были отлучены от церкви и должны были предстать в Риме перед папой. Против Фридриха и его сторонников провозглашался крестовый поход, участникам которого обещаны были те же «божеские и земные льготы», что и крестоносцам в «святую землю». Мало того, главному вербовщику крестоносцев в Палестину, епископу Оттону из Фраскати, было приказано приостановить вербовочную кампанию, так как потребовались крестоносцы для похода против «антихриста» Фридриха II и его сторонников. Когда в 1247 г. папский «король» Генрих Распе умер, папа обратился с призывом к германскому, польскому и датскому духовенству с требованием, чтобы отлучение от церкви «бывшего» короля-императора Фридриха и его сына Конрада строго проводилось в жизнь, чтобы все их сторонники бойкотировались верующими. Иннокентий IV предлагал королевско-императорскую корону всевозможным проходимцам, даже иностранцам. Через восемь месяцев после смерти Распе прирейнские епископы избрали германским королем графа Вильгельма Голландского. «И на этот раз главную роль играли деньги», — откровенно писал летописец. В письмах к светским князьям папа, однако, объявлял избрание Вильгельма актом, продиктованным свыше, указанием божьего перста.
И снова была провозглашена анафема против всех сторонников Фридриха, опять было собрано «крестовое» войско, которое штурмом овладело Аахеном, чтобы там короновать короля.
Во время этой войны в 1250 г. умер Фридрих II. Германией должен был управлять его сын Конрад, а Сицилийским королевством — другой его сын, Манфред. После смерти Конрада в 1254 г. Манфред продолжал борьбу с папой, и ему удалось нанести ряд чувствительных ударов папской партии. Казалось уже, что Гогенштауфены выйдут победителями из этой длительной, ожесточенной борьбы с папством, тем более что богатые немецкие города решительно стали на их сторону против хищнических действий папы Иннокентия IV и его преемника Александра IV (1254–1261). При последнем даже Северная Италия с ее многочисленными богатыми коммунами, не желая менять германское иго на еще более тяжелое папское, перешла в лагерь Гогенштауфенов и угрожала папству увлечь за собой Сицилию и весь юг Италии, где у Александра IV было также много противников. При таких условиях у Манфреда и у внука Фридриха II, малолетнего Конрадина, были большие шансы на решительную победу над папством. Однако на спасение папы явился французский принц Карл Анжуйский, с которым папство давно вело тайные переговоры. В 1266 г. при Беневенте произошла битва между рыцарями Карла Анжуйского и императорскими войсками, а в 1268 г. в новом сражении при Тальякоццо внук Фридриха II Конрадин потерпел полное поражение и сам оказался в плену. Папа Климент IV (1265–1268) потребовал поголовного истребления рода Гогенштауфенов: обезглавлен был 14-летний Конрадин, убиты были и другие члены этой «еретической семьи». Французский принц Карл Анжуйский стал королем Сицилийского королевства и при благосклонном содействии папства установил тиранический режим, который послужил причиной мощного восстания с почти поголовным истреблением ненавистных населению французов, происшедшего в 1282 г. и известного под названием «Сицилийской вечерни».
После истребления династии Гогенштауфенов папство торжествовало. Оно присвоило себе право непосредственного распоряжения императорским престолом. Папа использовал свое «право» коронования императора и повлиял на избрание в 1273 г. австрийского графа Рудольфа Габсбурга. Рудольф еще до того обещал Григорию Х предпринять крестовый поход, не покушаться на папскую территорию и не воевать против папских вассалов. Однако, когда Рудольф потребовал присяги от жителей Романии, Этрурии и Ломбардии, папа заявил свой протест и не разрешил королю явиться на коронацию в Италию. Он потребовал от него также примирения с Карлом Анжуйским, «вечного» отказа от притязания на Неаполитанское королевство и признания за Римом Сицилии, Сардинии и Корсики. Рудольф остался лишь королем и до самой смерти не был коронован в императоры.