Возглавлял партию, выступившую против Урбана, кардинал Амьенский. Оппозиционные кардиналы находились под вооруженной защитой графа Фонды Гаетани. Они вступили также в связь с французским королем Карлом V, который заверил их в своей поддержке. В то же время Урбан втянулся в конфликт с неаполитанским королевством, с королевой Иоанной, против которой он поддерживал союзника венгерского короля Лайоша I — герцога Карла Дураццо. Теперь уже все кардиналы, за исключением одного Тибальдески (который вскоре скончался), были в Ананьи. В ответ папа Урбан назначил 29 новых кардиналов, естественно, из приверженцев своей партии, в том числе и многих своих родственников.
Кардиналы, собравшиеся на выборы нового папы, расположились в Фонди, на неаполитанской территории, где 20 сентября 1378 года папой был избран кардинал-француз Роберт Женевский, принявший имя Климента VII (1378–1394). Новый папа был скорее политиком и полководцем, чем живущим в святости иерархом церкви. Следовательно, у него и шансы были выше в надвигающихся схватках. После того как Урбан, прочно удерживавший свои позиции в Риме, предал анафеме антипапу и его кардиналов, то же самое в отношении Урбана сделал и Климент VII, временно пребывавший в Фонди. Тем самым церковный раскол стал свершившимся фактом.
Юрисдикция обоих пап внутри вселенской церкви признавалась в зависимости от политико-властных интересов. Законность Урбана VI признали Германо-римская империя, Венгрия, Польша, Скандинавские страны и Англия; к церквам, которые выразили послушание Клименту VII, принадлежали церкви таких государств, как Франция, Шотландия, Неаполь, Сицилия и государства Пиренейского полуострова. Это деление в основном отражало состав противостоящих друг другу блоков в Столетней войне. Естественно, были и исключения; так, например, австрийский герцог Леопольд занял сторону Климента. Университеты, провинции монашеских орденов, епископства сами решали вопрос о своей юрисдикции. Факт формирования национальных церквей свидетельствует о том, что церкви, как правило, следовали за линией поведения, принятой светской властью. А в монашеских орденах разделение происходило по провинциям.
Схватка двух пап завершилась бесславной вооруженной борьбой в Италии, в которой помимо французов и неаполитанцев приняли участие и венгры. Интересы Климента VII защищали французские войска, союзные с Иоанной Неаполитанской, в то время как Урбан, признавая притязания венгерских Анжу на Неаполь, мог опереться на итальянское и венгерское оружие. Рим вновь раскололся на две партии; во главе оппозиции Урбану стоял род Орсини. В начале 1379 года победу одержали наемники Урбана, так что в их руки попал и Замок Святого Ангела, и Ватикан; Урбан укрепил свою власть и в Церковном государстве. Климент VII бежал из Фонди в Неаполь, а в июне 1379 года он окончательно поселился в Авиньоне. Из своих французских сторонников он назначил новых кардиналов и в не остывших еще папских дворцах тотчас приступил к новой организации курии. Таким образом, у святой матери-церкви появилось две главы — двое пап, две курии, и соответственно поступающие из Рима и Авиньона, в равной степени претендующие на свою исключительность и законность параллельные назначения, противоречащие друг другу постановления, налагаемые и той и другой стороной налоги — все это создавало анархию в управлении церковью. В этой обстановке блюстителями распадающегося церковного порядка стали выдавать себя светские князья; от их воли зависело осуществление того или иного папского постановления, заполнение бенефиций. Тем самым соперничающие между собой папы сами предоставляли возможность государству стать над церковью и содействовать созданию национальной церковной автономии.
В то время как в масштабе Европы борьба двух пап находилась в зависимости от результатов соперничества Англии и Франции, в Италии это определялось междоусобной борьбой между членами Анжуйской династии. Королева Иоанна Неаполитанская усыновила Людовика Анжуйского, желая этим с помощью французского королевства обеспечить для себя трон. Однако венгерский король Лайош I и военачальник папы Урбана Карл Дураццо разбили французское войско и заняли Неаполь. Урбан VI лишил Иоанну неаполитанского трона и в 1381 году короновал герцога Дураццо неаполитанским королем под именем Карл III, что давало папе право быть сюзереном над Неаполем. В 1382 году по приказу Карла Иоанна была убита.
В это время римляне взбунтовались против ненавистного им Урбана VI, который навязал им новую войну. Папа бежал к своим союзникам в Неаполь. Против явно нервнобольного Урбана его собственные кардиналы начали плести заговор при поддержке Карла III. Папа раскрыл заговор и в январе 1385 года в Ноцере велел схватить шесть замешанных в заговоре кардиналов и бросить в тюрьму. Когда выяснилось и соучастие короля, курия бежала в Геную, а Урбан предал анафеме своего прежнего союзника. Увезенных с собой кардиналов — за исключением одного — он велел безжалостно убить. Действия папы, недостойные главы церкви, вызвали глубокое отвращение.