Сбежавшие от Григория XII семь кардиналов и бросившие Бенедикта XIII на произвол судьбы шесть кардиналов вместе созвали вселенский собор, открытие которого произошло в Пизанском храме 25 марта 1409 года. Пизанский собор представлял собой совещание, проведенное под руководством кардинальской олигархии. Ни один из пап не признал его законным, и все же в нем приняло участие 24 кардинала, около 100 епископов, целая рать аббатов и каноников. Собор показал, что в управлении вселенской церкви роль кардинальской консистории возросла еще больше. Председательствовал на этом соборе архиепископ Миланский Петр. (И здесь заметно проявилось вечное соперничество между Римом и Миланом.) Процесс против пап, проведенный собором, завершился низложением обоих пап, и они были отлучены от церкви как отъявленные раскольники, еретики и клятвопреступники. Ведущей фигурой собора был энергичный кардинал Балтасар Косса. По его предложению Пизанский собор избрал папой под именем Александра V (1409–1410) уже одряхлевшего архиепископа Миланского. Александр V утвердил декреты Пизанского собора и закрыл заседание, обусловив, что новый вселенский собор, который будет созван через три года, займется разработкой церковной реформы.
Папа, избранный собором, переместил свою курию в Болонью. Кандидатура папы Александра оказалась идеальным компромиссом, ибо через несколько месяцев он скончался. Кардиналы Болоньи в качестве преемника избрали папой Валтасара Коссу, который принял имя Иоанна XXIII (1410–1415). Этот папа, несомненно, был человеком больших способностей, но он скорее являлся светски мыслящим политиком и кондотьером, чем высшим иерархом. Это был авантюрист, обладавший блестящими и привлекательными способностями. Буркхардт также упоминает эти его качества, отмечая, что Косса, будучи якобы морским пиратом, принимал участие в борьбе двух ветвей династии Анжу за Неаполь.
Однако приверженцам конциляризма пришлось разочароваться. Ни римский, ни авиньонский папы не обращали внимания на решения Пизанского собора; у них и в мыслях не было отречься от престола. Собор же совершил ошибку, предварительно не обеспечив себе поддержку со стороны германского короля, светской власти, и не располагал средствами принуждения. Таким образом, во главе церкви оказались одновременно три папы! Римский папа по-прежнему пользовался поддержкой германского короля и признанием со стороны Неаполя; в Центральной Италии и в Риме власть принадлежала ему. Авиньонский папа, после того как французы стали на сторону собора, перешел под защиту испанцев. Его верховенство признали государства Пиренейского полуострова и Шотландия. Свою резиденцию он перенес в Перпиньян. Влияние папы, избранного в Болонье, было ограничено Ломбардией, но в конечном счете внутри вселенской церкви он встретил почти всеобщее признание.
Во времена раскола сословные и национально-церковные устремления основательно подорвали папство. На берущих свое начало в Пизе реформаторских соборах делались попытки преобразовать абсолютистскую папскую монархию в конституционно-сословную. Однако национально-церковные устремления, заложенные в конциляризме, были направлены против всей церкви и существовавшего строя, что и проявилось — в первую очередь в Англии и Чехословакии — в форме национальных еретических движений.
В Англии радикальную программу церковной реформы провозгласил профессор Оксфордского университета Джон Уиклиф (1320–1384). Он подчеркивал независимость королевской власти от папы, а также право короля на церковную собственность. Папа объявил Уиклифа еретиком. Однако английский король и сословия взяли его под защиту, ибо находились в состоянии войны с Францией, которую поддерживали авиньонские папы. Лишь тогда, когда Уиклиф пошел дальше в направлении народного еретического движения, их интересы разошлись. Уиклиф начал проповедовать идею о необходимости возвратиться к простоте и демократичности раннехристианской церкви. Он перевел на английский язык Библию, требовал вести богослужение на английском языке. По его мнению, то, чего нет в Библии, то не христианство по своей сути, а следовательно, не являются таковым ни папство, ни духовное сословие, ни монашество, ни целибат, ни месса, ни исповедь и т. д. Уиклифу пришлось бежать от инквизиции, а его последователи, лолларды, были с беспощадностью истреблены.