Иезуиты стали ведущим католическим фактором эпохи благодаря тому, что они адаптировали теоретический и практическо-методологический опыт и успехи Реформации для католической церкви, а протестантов хотели победить их же оружием, и не без успеха. Основной целью деятельности иезуитов было приостановить, а потом и повернуть вспять секуляризацию общества и церкви. Тем самым они, по существу, заняли позицию против объективного исторического процесса.
Подготовка католицизма к борьбе против Реформации на оборонительной стадии ознаменовалась прежде всего реорганизацией папской инквизиции; эта реорганизация вписывалась в реформу по централизации всего папского управления. А для того, чтобы папская церковь могла без опасений принять бой против Реформации, необходимо было укрепить ее внутреннее единство. Теологическое обоснование этого взял потом на себя Тридентский собор, но и до этого уже началась административная расправа с явными «лжеучениями». Спустя несколько десятилетий папская инквизиция станет устрашающим орудием контрреформации.
Реорганизация инквизиции протекала внутри кардинальского корпуса. Папа Павел III своей буллой «Licet ab initio» от 21 июля 1542 года учредил в Риме Центральный инквизиционный трибунал (позднее получивший название «Священная канцелярия»). Этот орган — первая кардинальская Конгрегация святой инквизиции, во главе которой стоял кардинал — великий инквизитор. Подлинным основателем папской инквизиции был кардинал Карафа. Ставший из доминиканца испанским кардиналом, он воссоединил средневековую доминиканскую инквизицию с испанской государственной инквизицией. Он воспринял от нее практикуемые ею страшные методы пыток и, пожалуй, еще более страшные психологические методы убийства человеческой души. Кардинал Карафа был мрачным вершителем правосудия, строгим и безжалостным в выносимых им приговорах, непреклонным в своих суждениях. Он предложил учреждение в Риме Священной канцелярии, а также идею, чтобы папа сделал инквизицию центральным органом церковного управления. В этом его поддерживали Лойола и иезуиты. Конгрегацией святой инквизиции руководили шесть великих инквизиторов во главе с кардиналом — великим инквизитором Карафой.
Папская инквизиция имела право судить каждого, невзирая на ранг и происхождение, могла выносить смертные приговоры, помилование по которым осуществлял только папа. Сутью инквизиции было то, что она могла делать все, принимать любые распоряжения ради того, чтобы сдержать, остановить Реформацию, истребить ее, более того — жестоко покарать каждое отклонение от католических догм. Таким образом, обвинения в еретичестве путем тайных и анонимных доносов стали средством политической, экономической или личной мести.
Инквизицию поддерживали в ее действиях международные карательные органы. Устрашающий пример в этом отношении показало Папское государство. В Риме на площади перед храмом Санта Мария алла Минерва было определено место для аутодафе. (Испанское выражение, означающее «акт веры». Торжественное оглашение приговора инквизиционного трибунала происходило в присутствии церковных и светских властей. Во время следовавшего за этим исполнения приговора — что являлось задачей светской власти — зрители, как того требовала инквизиция, периодически громко возглашали свою приверженность истинности церковного учения.) В Венеции вместо широко распространенного сожжения еретиков на кострах избрали более дешевую казнь — утопление в воде. Осужденных вывозили на двух барках в открытое море. Обе барки плыли плотно рядом одна с другой. Между ними помещался мостик. На него сажали связанных осужденных; затем обе барки начинали грести в противоположном направлении, мостик падал в воду, а вместе с ним и несчастные осужденные, которые тут же шли ко дну.
В 1543 году Карафа распорядился, чтобы печатание книг осуществлялось только после предварительного просмотра и разрешения инквизиции. Тем самым было положено начало институту церковной цензуры книгопечатания.
После создания таких предпосылок в ноябре 1544 года Павел III издал буллу «Laetare Jerusalem», в которой объявил о созыве 15 марта 1545 года в приграничном между германской и итальянской территориями городе Тридент вселенского собора. Однако собор был созван лишь в декабре 1545 года. Заседаниями собора руководили по очереди три кардинала-легата. Во время открытия присутствовал всего 31 епископ и только постепенно стали съезжаться остальные участники собора.
Этот собор уже не был общеевропейским конгрессом, как, например, Констанцский вселенский собор. Большая часть присутствовавших на нем отцов-кардиналов прибыла из Италии и Испании. Духовная атмосфера совещаний в сильной степени определялась влиянием иезуитов. Правом голоса на соборе пользовались только епископы и руководители монашеских орденов. Совещания проходили на трех уровнях:
1) в теологической подготовительной комиссии (с участием не пользующихся правом голоса докторов) подготавливались декреты;
2) соборные отцы обсуждали их на общем заседании и формировали мнение большинства;