Выдающиеся папы эпохи барокко сами были покровителями и ценителями наук, и только предвзятые наблюдатели утверждали (иные порой и сейчас утверждают), что католическая церковь была якобы заклятым врагом науки. (В качестве «неопровержимого» доказательства этого приводится обычно судилище над Галилеем; будто бы оно априори было направлено против научных исследований. Хотя вот уже целое столетие — со времени изучения материалов судебного процесса — как выяснилось, что поддерживавший, вообще-то говоря, Галилея папа Урбан VIII потому отдал ученого под суд, что тот посмел противостоять высшей церковной власти. А это в те времена считалось непростительным грехом. Несомненно, что приговор по своему духу был антинаучным — ведь Галилей должен был отказаться от всех аргументов, приведенных им в пользу Коперника, поскольку новое, гелиоцентрическое, представление о мироздании ограничивало власть церкви и папы, а точнее, угрожало ее неприкосновенности. Однако в век антиклерикальной просвещенной буржуазии суд над Галилеем символически превратился в конфликт между церковью и наукой, прогрессом. Ныне распоряжение папы Иоанна Павла II о пересмотре этого судебного процесса, то есть подготовка к реабилитации Галилея, также свидетельствует о стремлении пусть задним числом, но прекратить противостояние церкви и науки.)
Весь понтификат Сикста V символизирует внутреннее противоречие католической реставрации и барокко, но в еще большей степени это символизирует сама смерть выдающегося папы. Восторженные римляне в начале его пребывания на папском престоле соорудили ему статую. Но когда летом 1590 года Сикст V умер, народ, измученный огромными налогами, снес статую папы. Римляне устремились в Капитолий и приняли решение впредь не ставить больше статуй ни одному папе.
После Сикста владыками церкви, быстро сменявшими один другого на срок от нескольких недель до нескольких месяцев, были три папы. В конце концов происпанские кардиналы избрали более молодого папу в лице кардинала Альдобрандини, принявшего имя Климента VIII (1592–1605). Став папой, он по-прежнему оставался уравновешенным и вдумчивым чиновником, много и охотно работавшим за письменным столом. С ним на папском престоле господство личности сменилось господством службы.
Влияние папы в это время — на рубеже XVI и XVII веков — было подобно его влиянию в XI–XII веках. Вновь ожили было идеалы Гильдебрандской эпохи, однако затем в кровавых бойнях Тридцатилетней войны они были навечно погребены. Это возросшее, но непрямое политическое влияние папство обеспечило себе благодаря тому, что церковное обновление совпало с развитием и расцветом абсолютной монархии, для формирования которой католицизм был наиболее подходящей идейной основой. Позднее, в середине XVII века, этот процесс вылился в свою противоположность, и абсолютные монархии окончательно разделались с влиянием папства на жизнь их стран.
Современную теорию папского суверенитета в соответствии с эпохой абсолютной светской монархии разработали иезуиты и в первую очередь кардинал Роберт Беллармин (1542–1621). Согласно его представлениям, светская власть — это тело, а церковная власть — душа; папа назначен Богом надзирать за государствами, для чего он наделен полной, непререкаемой церковной властью. В религиозных делах он имеет право вмешиваться и в управление государствами. Королевская власть по своему происхождению — тоже божественна, но государь осуществляет свое предназначение через руководство народом, поэтому народ может и лишить его этой власти. Так в рамки одного учения вместились и папский абсолютизм, и народный суверенитет. Сохранился и иезуитский тезис о казни тирана, но теперь основной упор в оценке короля делался уже на верность вере.