Важное новшество, введенное Григорием XV, касалось избрания папы: он распорядился, чтобы голосование осуществлялось на конклаве тайно, записками. Этим самым он хотел добиться демократизма выборов и способствовать избранию на папский престол наиболее достойных и пригодных для выполнения функций главы церкви. (Избрание папы с точки зрения канонов может осуществляться трояко: 1) один из кардиналов предлагает кандидатуру, и если остальные поддерживают ее, то они открыто и громогласно заявляют о своем согласии; 2) для избрания папы кардиналы выделяют из своей среды комиссию, и ее решение остальные кардиналы открытым голосованием или принимают, или отвергают; 3) члены конклава голосуют индивидуально и тайно.)
В 1630-х годах война принимает европейские масштабы. Протестантские немецкие князья оружием были поддержаны Швецией и Трансильванией, а материально — Голландией, Англией и католической Францией. В то время как Габсбурги своими военными успехами были обязаны в первую очередь гениальности их полководца Валленштейна, политические успехи антигабсбургской коалиции были выкованы кардиналом Ришелье. Второй тур войны был решен в пользу протестантов вступлением в войну в 1630 году шведского короля Густава Адольфа, и «Католическая лига» потерпела поражение. В 1635 году Пражский мир восстановил равновесие обоих вероисповеданий, но императорская власть и католицизм усилились. В 1620—1630-х годах Габсбурги успешно завершили контрреформацию на исконных австрийских территориях и в Чехии. В Венгрии значительная часть высшего дворянства — не в последнюю очередь в результате деятельности Эстергомского архиепископа (получившего в 1629 году сан кардинала) Петера Пазмани — вернулась в католическую веру. Однако Венгрия и в дальнейшем продолжала оставаться страной со смешанным вероисповеданием. Тесно переплетенная с интересами габсбурского абсолютизма, контрреформация стала официальной программой его государственной политики с принятием в 1629 году в момент кульминации военных успехов распоряжения о восстановлении (neoaquistica comissio). В этом документе Фердинанд II распорядился о возвращении церкви секуляризированных после Аугсбургского религиозного мира, то есть начиная с 1552 года, церковных земельных владений. Из религиозного мира он снова исключил кальвинистов. Это свое распоряжение император вынужден был отменить в Пражском мире 1635 года (австрийских провинций это, правда, не касалось).
В середине европейской религиозной войны папа Урбан VIII (1623–1644) решительным образом порвал с политикой своих предшественников и однозначно стал на сторону Франции. Флорентиец по происхождению, 55-летний папа из семейного клана Барберини ранее был нунцием в Париже, и, вероятно, его избрали папой по желанию Ришелье. Урбан VIII ненавидел испанцев и Габсбургов; естественным союзником против них была Франция. Урбан VIII снова зажил как светский князь, он показал себя приверженцем духа барокко и меценатом искусств.
Когда папа вступил в союз с Ришелье против Габсбургов, он и сам начал военные приготовления. В Церковном государстве по его приказу были возведены крепости и укрепления, в Тиволи был создан оружейный завод. Обладая тонким чутьем, папа повернул в сторону французской политики. В 1635 году началась война между Испанией и опирающейся на голландско-шведский союз Францией. Тем самым на своем завершающем этапе Тридцатилетняя война перестала носить религиозную окраску, поскольку противостоящие стороны являлись католическими державами. В конце концов возглавляемый французами союз одержал верх, и, хотя восточная монархия Габсбургов спаслась, свою гегемонию на Западе Габсбурги уже не смогли себе вернуть.
Урбану VIII не довелось пожать плоды своей профранцузской политики. В лице Иннокентия X (1644–1655) на папский престол, несмотря на интриги кардинала Мазарини, взошел человек не профранцузской ориентации, а сторонник компромисса. Начавшаяся под религиозными лозунгами европейская война в конце концов окончилась без папы, даже можно сказать, вопреки ему. В соответствии с Вестфальским миром 1648 года Франция приобрела Эльзас, а Испания потеряла статус великой державы. Условия мира расчленили Германию на более чем 200 мелких независимых княжеств; таким образом императоры-Габсбурги уже не могли больше поставить ее на службу своим великодержавным целям. Победители, французы, были заинтересованы в том, чтобы на востоке от Рейна не образовалась единая, сильная Германия.
По этому миру интересы католической церкви были в значительной степени ущемлены. Основным принципом следующей эпохи стало признание равноправия протестантов во всех отношениях. Были закреплены условия Аугсбургского религиозного мира с тем дополнением, что и кальвинизм был признан религией, равноправной со всеми остальными. Было заявлено, что епископства — иначе говоря, княжества, образованные из епископств, — могут быть также и протестантскими. В результате этого были секуляризированы два архиепископства и 12 епископств.