Спрашивалось теперь, которое из двух правительств, московское или троицкое, возьмет верх, т.е. будет признано народом, общим мнением, за настоящий государственный центр. Вопрос этот оставался открытым в продолжение нескольких недель: от начала августа до половины сентября. Однако очень скоро, после появления Петра в Троицкой лавре, обнаруживается некоторый перевес юного царя, главным советником которого в это время был Борис Голицын. К людям расчетливым, предвидевшим торжество Петра, принадлежал и полковник Цыклер, до тех пор пользовавшийся доверием правительницы. Он сумел устроить дело так, что в Москве было получено приказание Петра немедленно отправить к нему в Троицкую лавру Цыклера с 50 стрельцами. После некоторых «совещаний и отговорок», как рассказывает Гордон, в Москве решились отправить Цыклера в лавру. Здесь он, разумеется, сделал довольно важные сообщения относительно замыслов Софьи и ее клевретов. Его показания — им даже была подана записка — не дошли до нас. Нельзя считать вероятным, чтобы показания человека, изменившего Софье, а впоследствии и Петру, вполне соответствовали истине.
В Москве тем временем показывали вид, что не придают никакого значения удалению Петра в лавру. «Вольно же ему, — говорил Шакловитый о Петре в тоне презрения, — взбесяся, бегать». Однако Софья все-таки считала нужным принять меры для примирения с братом. С этой целью она отправила в лавру, одного за другим, боярина Троекурова, князя Прозоровского, наконец, патриарха Иоакима.
Между тем царь, получив с разных сторон известия о намерениях сестры, приказал, чтобы стрельцы и прочие войска тотчас же были отправлены к нему в лавру. Софья, напротив, велела созвать во дворец всех полковников со многими рядовыми и объявила им, чтобы они не мешались в распрю ее с братом и к Троице не ходили. Полковники недоумевали, колебались. Софья сказала им: «Кто осмелится идти в Троицу, тому велю я отрубить голову». То же объявлено и в солдатских полках. Генералу Гордону, начальнику Бутырского полка, сам Голицын сказал, чтобы он без указа не трогался из Москвы.
Петр повторил приказание немедленно отправить к нему войско, но в Москве нарочно был распространен слух, что эти мнимые приказания присланы без ведома царя. Таким образом, до конца августа в Троицкой лавре находилось немного войска. Однако Софья все-таки считала нужным после того, как посланные в Троицу для объяснения клевреты ее, Троекуров и Прозоровский, не имели успеха, отправить для переговоров патриарха. Иоаким поехал и нашел для себя выгодным остаться у Петра. Такого рода случаи, без сомнения, должны были действовать сильно на общественное мнение.
27 августа в Троицкую лавру отправились некоторые полковники с несколькими сотнями стрельцов. Есть основание думать, что и от них Петр получил разные сведения о намерениях Софьи, Шакловитого и В.В. Голицына. По совету последнего в лавру были отправлены вслед затем некоторые стрельцы, пользовавшиеся особенным доверием Софьи, с целью уговорить уже находившихся в лавре стрельцов возвратиться в Москву. Все это оказалось безуспешным.
При таких обстоятельствах Софья сама решилась отправиться в лавру; однако в селе Воздвиженском, в 10 верстах от монастыря, ее остановил комнатный стольник Бутурлин, объявив волю государя, чтобы она в монастырь не ходила. «Конечно, пойду», — отвечала она с гневом; но вскоре прибыл из лавры боярин князь Троекуров и объявил, что в случае прихода ее в лавру «с нею поступлено будет нечестно».
Тотчас же после возвращения Софьи в Москву туда прибыл из Троицы полковник Нечаев с требованием от имени царя выдачи Шакловитого, Медведева и других лиц, приближенных Софье. Медведев спасся бегством к польской границе; другие спрятались в самой Москве; для бегства Шакловитого были сделаны некоторые приготовления: у заднего крыльца Кремлевского дворца для него стояла оседланная лошадь, у Новодевичьего монастыря находился наготове экипаж. Однако он не решился бежать, опасаясь, что стрельцы остановят его. Василий Васильевич Голицын, упав духом, удалился на время в одно из своих подмосковных имений. И при дворе, и вообще в столице распространилось уныние. Стрельцы казались склонными перейти на сторону Петра. Гордон 1 сентября сам видел около Кремля многих стрельцов, наблюдавших за тем, чтобы не сбежали главные противники Петра. Требование выдачи Шакловитого, как рассказывает Гордон, произвело сильное впечатление: народ был поражен; большинство, по словам Гордона, решило оставаться спокойным и ждать, чем кончится дело.