Вскоре после смерти отца в 1558 году Юлиус — Жюст попытался в Париже ходить на общественные лекции и… выяснил, что его греческий слишком плох, чтобы понимать их. Поэтому Скалигер на несколько лет сконцентрировал свое внимание на изучении этого языка и перечитал все доступные греческие произведения, начиная с Гомера. К 1561 году он приобрел способность сочинять стихи по-гречески, что и стало на какое-то время его основным занятием. Он начинает переводить латинскую классику на греческий, пытаясь восстановить греческие оригиналы произведений, для которых сохранился только их латинский перевод (не исключаю, что оригиналов никогда не существовало и соответствующие апокрифы писались только на латыни).
В 1564 году Скалигера уже считали экспертом и в вопросах о литературном греческом, и о литературной латыни. В этом году он закончил и сдал в печать свои комментарии к книге Варро о латинском языке, в котором продемонстрировал свое знание греческой поэзии. После этой книги, приблизительно с 1565 года за ним закрепилась репутация выдающегося критика как греческой поэзии, так и латинских текстов. Приблизительно в это время он стал все шире сравнивать тексты на этих двух языках с языками Ближнего Востока, пытаясь широко привлекать этимологические соображения для анализа текстов. Более старшее поколение относилось к его этимологическим аргументам со скепсисом, но его современники были от него в восторге.
Когда же он начал широко использовать свой текстуальный анализ для перевода поэзии, отношение к его обоснованиям было смешанного характера. Его переводы производили впечатление незрелых, хотя его лексическое богатство и считалось бесспорным, а сам он постепенно признавался как главный авторитет в вопросах архаичной латыни и римской грамматической традиции. Его репутация была несколько странноватой, но это была репутация человека, к которому обращаются во всех спорных вопросах в этой области — пишет Грэфтона стр. 118.
После 1565 года жизнь Скалигера изменилась к худшему. Следующие три года он провел в путешествиях, не способствовавших регулярным научным и литературным занятиям. По дороге в Неаполь и Рим, дважды пересекая Альпы в разных направлениях, он и его покровитель Луи Частенье де ла Рошпозе, французский посланник в Риме, старались по дороге читать греческие и латинские тексты и обсуждать их. Большую часть времени они провели в городах Северной Италии. Несмотря на свое итальянское происхождение, Скали — гер был воспринимаем как чужой в этой стране и полностью зависел от контактов своего гида Муре, который был дружен с его отцом. Но он старался заводить знакомства, осматривал памятники старины и составил большую коллекцию надписей, интересуясь в первую очередь греческими. Однако никогда он не пользовался рукописями, хранившимися в Италии, а только таковыми из Франции и Германии.
Хотя итальянцы и отнеслись к симпатией к молодому французу, они ему в своей массе не понравились, даже самые ученые из них. В каждом подозревал он подосланного к нему убийцу, чтобы убрать с лица земли последнего представителя «князей Делла Скала». Особенно в венецианцах, оккупировавших родину его «предков». Только в богатых и блиставших широким уровнем образования еврейских общинах Северной Италии, в первую очередь в Мантуе и Ферраре, он чувствовал себя хорошо. Он с удивлением констатировал, какой свободой пользуются тамошние еврейские общины. Итальянские евреи были в свою очередь в восторге от его знаний древнееврейского, хотя и признавали, что он говорит на библейском варианте языка, в то время как в Италии доминировал иной диалект. Впрочем сам Скалигер понимал, что его знание древнееврейского и арабского, основанное на самостоятельном их изучении, не идет ни в какое сравнение с его знанием греческого и латыни.
Из Италии путешественники отправились в Англию, где и были приняты в высших кругах общества. Скалигер восхищался королевой Елизаветой, но не ее красотой, а свободным владением многими языками. Свобода нравов (чтобы не сказать половая распущенность) английской аристократии произвела на него отталкивающее впечатление. Сама страна воспринималась им как провинциальная, с бедными коллекциями рукописей в библиотеках (ничего интересного!) и с сильными антифранцузскими настроениями. По Бернайсу в основе этих оценок лежало антианглийское воспитание молодых французов. Варвары и фанатики — была его общая оценка по словам Грэфтона. Такая картина Англии находится в вопиющем противоречии с байками, которые нам рассказывают историки о римском периоде истории, о богатой монастырской традиции, о Беде Достопочтенном и разных сторонах интеллектуальной жизни в Средние века. Думаю, что оценка Скалигера достойна доверия: активная деятельность по созданию виртуальной истории в Англии XVI века еще только начиналась и до конца этого века производство «античных» рукописей еще не было налажено.