Однако отвлечение, вызванное трехлетним путешествием, было лишь прелюдией к годам гражданской войны, вынудившей в 1567 году Скалигера сменить письменный стол на обмундирование солдата. Став в 22 года гугенотом, Скалигер был одним из известнейших их последователей и теоретиков во Франции, враждебное отношение к которому со стороны католиков было хорошо известно. Написанные после путешествия рукописи не удавалось опубликовать, все наследное имущество было разграблено, многие друзья юности погибли. После завершения войны в 1570 году он осел в Валенсии, где преодолел свою послевоенную грусть и глубокую депрессию, интенсивно изучал римское право и завязал знакомство с выдающими французскими юристами, в первую очередь с выдающимся французским историком права Жаком (Яковом) Куясом (Куяцием). Здесь Скалигер начал восстанавливать утерянные фрагменты работы средневекового юриста и историка Африкануса (самая его значительная работа послевоенного периода по собственной оценке Скалигера), результаты которой Куяс (якобы 1522–1590), сделавший Скалигера своим ассистентом, широко использовал в своих трудах по римскому праву. Похвала этого широко известного во Франции ученого, скупого на хвалебные гимны, в адрес Скалигера, бывшего на 20 лет моложе его, много способствовала возрождению его авторитета.
Куяс предоставил Скалигеру кров в своем доме, ввел его в круг своих корреспондентов и коллег, открыл ему доступ в свою богатую коллекцию старинных рукописей числом около 200 и Скалигер интенсивно использовал эти рукописи в своей работе. Дружба с Куя — сом продолжалась до самой смерти последнего. Кроме того, в Валенсии он приобрел еще одного друга и помощника на всю жизнь: молодого тогда еще католика Жака — Августа Ту, будущего историка и председателя парламента. Тогда же он познакомился с Клодом Депьюи, видным деятелем парламента в Париже, который снабжал его редкими книгами, консультировал по разным вопросам и служил для него связующим звеном в контактах с итальянскими гуманистами.
Послевоенная идиллия кончилась в августе 1572 года. По приказу правительства Скалигер отправился в Польшу в составе делегации претендента на польский престол, но его застало в Страсбурге страшное известие о расправе с гугенотами в Варфоломеевскую ночь и его желание служить парижскому правительству на этом закончилось. Спасаясь в Женеве от возможных преследований, он сразу же получил предложение стать профессором философии. Его колебания в этой связи были связаны с его нелюбовью к публичным выступлениям: весь его гений проявлялся за письменным столом, а не в аудитории. Но так как власти города не препятствовали его писательской деятельности, он начал читать лекции по Аристотелю и Цицерону, встреченные положительно немногочисленными студентами.
Заскакивая на 20 лет вперед, скажу, что именно нелюбовь к публичным выступлениям побудила Скалигера не сразу принять кафедру в Лейдене, осиротевшую после отъезда Липсия. Сначала ему пришлось оговаривать с руководством университета и города, что от него не будут требовать никаких лекций. Он предпочитал всем возможным аудиториям таковую, состоящую из одного единственного слушателя или собеседника. Тем не менее вокруг Скалигера всегда подвизалась научная молодежь и недостатка в учениках и юных почитателях у него не было.
Тем не менее несмотря на успех своей краткой профессуры в Женеве, Скалигер в октябре 1574 года, как только положение во Франции несколько успокоилось, вернулся на родину и жил в имениях своего покровителя и друга де ла Рошпозе. Последующие 20 лет до своего переезда в Лейден Скалигер, южнофранцузский патриот, провел в разных имениях этого своего покровителя или в поездках по городам Франции, в основном южной. Так, в 1581 году он посетил Куяса в Бурже, куда тот перебрался из Валенсии, чтобы выразить ему свое соболезнование в связи со смертью сына. Благодаря небольшому наследству, оставленному ему его матерью, и великодушию его друзей, он никогда не испытывал финансовых затруднений. И это, несмотря на то, что установленное Генрихом III в 1579 году ежегодное королевское содержание в 2000 франков не было ни разу, даже после ходатайства его влиятельных парижских друзей, выплачено.