Центральным в политической теории Иосифа Волоцкого является учение о власти. Он придерживается традиционных взглядов в определении сущности власти, но предлагает отделить представление о власти как о Божественном установлении от факта ее реализации определенным лицом — главой государства. Властитель выполняет Божественное предназначение, оставаясь при этом простым человеком, допускающим, как и все люди на земле, ошибки, которые способны погубить не только его самого, но и весь народ, ибо «за государьское согрешение Бог всю землю казнит». Поэтому не всегда следует повиноваться царю или князю. Власть неоспорима только в том случае, если ее носитель может личные страсти подчинить основной задаче употребления власти — обеспечению блага подданных. Если же он, будучи поставлен царем над людьми, над собой «имат царствующие страсти и грехи, сребролюбие, гнев, лукавство и неправду, гордость и ярость, злейши же всех неверие и хулу, таковы й царь не Божий слуга, но диавол» и ему можно «не токмо не покоритися», но и оказать сопротивление, как это не раз делали апостолы и мученики «иже от нечестивых царей убиены быша и повелению их не покоришася». Такой «злочестивый царь», который не заботится «о сущих под ним», не царь есть, но мучитель.
Таким образом, Иосиф впервые в русской политической литературе открыл возможность обсуждать и критиковать личность и действия венценосной персоны. Развитие критических положений логически приводило к мысли и об осуждении того или иного правителя как злого царя-мучителя, которому можно не только не подчиниться, но и оказать сопротивление.
Эти положения Иосиф выдвигал как программные, когда вел борьбу с великокняжеской властью, отстаивая имущественные права церковной организации. В это же время он обосновал и теорию о превосходстве духовной власти над светской. Царь не должен забывать, что он не первое лицо в государстве, ибо «церкови подобает поклонятися паче, нежели царем или князем и друг другу».
Но после Соборов 1503—1504 гг., когда Иван III переориентировался в своих действиях на прочный союз с церковью, а значит, и с главенствующими в ней иосифлянскими иерархами, постепенно стала изменяться и политическая позиция волоколамского игумена и возглавляемого им направления. Теперь Иосиф преследует другие цели: возвеличить властвующую персону и доказать необходимость безоговорочного подчинения ее авторитету. При этом он не отрекается от мысли, что все-таки «царь естеством подобен всем человекам», но подчеркивает факт его божественного избранничества, который, по мысли Иосифа, сам по себе лишает простых людей возможности критиковать царя или князя, принявших «скипетр царствия... от Бога». Он возвеличивает личность царя, сравнивая ее с Богом и даже уподобляя Богу. Единственное ограничение княжеской власти, которое сохраняется неизменным, так это соблюдение тех пределов, которые поставлены перед властителем Божественными заповедями и государственными законами («Царь в заповедях и правдах ходяше»).
В своих трудах Иосиф предпринимает попытку провести классификацию законодательства, но в его религиозной трактовке этой проблемы допускается смешение закона Божественного и закона государственного (положительного). Так, по Иосифу Волоцкому, воля Бога была непосредственно реализована в Священном Писании, затем в решениях Вселенских и Поместных Соборов и «в словесах Святых Отец». На основании этого материала впоследствии были приняты «грацкие законы», в которых «Божественная правила с Заповедями Господними и речениями Святых Отец и с самими грацкими законами размешана быша...», и тот, кто дерзнет нарушить все это, «царскими судами и грацкими законами обуздывается». Таким образом, государственные законы понимаются Иосифом как некие конкретные правила, исходящие от светской власти, но имеющие своим источником и содержанием волю Бога, реализацию Божественных истин и христианских морально-этических заповедей. Правовые и нравственные категории воспринимаются Иосифом в полном слиянии, поэтому он требует применения уголовной ответственности не только за нарушения законов, устанавливаемых и поддерживаемых государством, но и за несоблюдение христианских заповедей, что должно составлять исключительную прерогативу церкви.