Наилучшей формой правления Тимофеев считает сословно-представительную монархию. В этом отношении он продолжает политическую линию, намеченную Максимом Греком, Ф. Карповым, Зиновием Отенским, И. С. Пересветовым и А. М. Курбским, но у него она получила более обстоятельную аргументацию. Тимофеев много и упорно думает о форме организации общественного мнения и его роли в ограничении произвола властителя. Употребляемые им термины «народ», «всенародное множество», «народное голосование», «Вселюдский собор» свидетельствуют о желании мыслителя утвердить право широкого сословного представительства. В такой организации власти Тимофеев усматривает не только определенную степень ограничения произвола верховного властителя, но и форму выражения общественного мнения, сплачивающего народ и дающего ему силу противостоять беззаконию и несправедливости. Отсутствие представительных форм правления мыслитель воспринимает как свидетельство политической отсталости страны. «Всенародное» участие в политической жизни государства обеспечивает согласие народа и способно действенно предотвращать внутренние и внешние невзгоды. Так, он полагает, что страна избежала бы иноземных вторжений поляков и шведов в том случае, если бы действовал «Вселюдский собор», который мог бы своевременно внести изменения в политику государства.
Наличие такого собрания не исключает необходимости и в более узком правительственном учреждении, состоящем из людей, имеющих специальную квалификацию в делах управления страной и выполняющих роль непосредственных помощников царя. Тимофеев выступил с развернутой аргументацией в пользу профессиональной государственной деятельности. Он осуждал царя Бориса за возвышение людей, не имеющих навыка к ведению государственных дел, становившихся в силу отсутствия у них знаний и практического опыта плохой и подкупной администрацией.
Тимофеев подробно осветил тему «плохих советников» и «злого совета».
В своих теоретических схемах он четко различает такие понятия, как самодержавие и самовластие. Самодержавие (единодержавие) связывается им скорее с формой государственного устройства, а самовластие трактуется как произвольный незаконный способ реализации высших властных полномочий и оценивается как тяжкий грех властителя, законопреступный по своей природе. Причем Тимофеев осуждал как самовластие царей законных, так и «наскочивших на трон».
Особое внимание Тимофеев уделяет разоблачению тиранического правления Ивана IV, которое, по его мнению, и положило начало развитию порочного и пагубного для страны самовластия.
В опричных мероприятиях он, современник событий, видел «замысел презельной ярости против рабов своих», в результате реализации которого вся страна «зашаталась», а царь так «возненавидел все города земли своей», что «в гневе своем разделил единый народ на две половины, сделав как бы двоеверным... а всякое царство, разделившееся в себе самом, не может устоять».
В этих событиях Тимофеев усматривал первоначальные причины развернувшейся в конечном итоге Смуты, поскольку он полагал, что в исступлении ума Иван натравливал одну половину населения на другую, при этом «многих вельмож своего царства, расположенных к нему, перебил, а других прогнал от себя в страны иной веры...». Перестал без всяких к тому оснований доверять своему народу и, напротив, начал проявлять большую склонность к иноземцам, «отдавая себя в их руки», в результате чего «все тайны его были в руках варваров и что они хотели, то с ним и творили... он сам себе был изменником». Сеял повсюду необоснованный страх и трепет своими опричниками, ненавидимыми народом. Опричники, уподобленные «бесовским слугам», несли смерть повсюду, наводя ужас только одним своим видом. Особенно пострадал от опричнины Новгород, который никогда от иноземных врагов не видел такого разорения и поругания, сколько зла и страданий причинил ему поход Ивана IV. В результате город был разорен, а люди перебиты.
Насилие сковало народ, а страх был так велик, что никто не смел выступить в защиту истины. Люди стали рабски послушными, «малодушными, на каждый час изменчивыми»; произошел полный переворот всех нравственных понятий под воздействием страха и насилий: «все честное всячески переменялось на бесчестное, а бесчестное, наоборот, — как раз в несвойственную и противоположную ему ризу оделось». Ужас в равной мере овладел всеми сословиями страны. Тимофеев критикует бояр и высшее духовенство, дворян («лжевоинов») и своекорыстных купцов за их пренебрежение к общегосударственному интересу, за их общественно-политическую пассивность, выразившуюся в овладевшем ими «страшивстве» и «бессловесном молчании» в ответ на все злодеяния, обрушившиеся на страну. «Бессловесное молчание» всего народа от мала до велика позволяло совершаться злодеяниям и в дальнейшем.