Употребляя излюбленную в русской публицистике формулу о наказании народа и страны за их же грехи, Тимофеев главными из них считал именно «бессловесное молчание». «За какие грехи, — спрашивает он, — не бессловесного ли ради молчания наказана земля наша, славе которой многие славные завидовали?.. Бог карает людей, когда народ не находит мужества прекратить злодейства».
Тимофеев осуждает соотечественников, которые переносили злодейства и беззакония «как бы ничего не зная, покрывшись бессловесным молчанием и как немые смотрели на все случившееся». Он в какой-то мере понял, что этот результат связан с чрезмерной сакрализацией царской власти, хотя как средневековый человек не мог полностью освободиться от влияния этих глубоко вошедших в официальную политическую идеологию положений, определяющих царя как наместника Бога на земле. Тем не менее, придя к выводу о необходимости хотя бы «вмале» и с осторожностью («в прикровении словес») разоблачать тираническое правление и самого тирана, его осуществляющего, Тимофеев если и не снял, то значительно приоткрыл этот покров сакральности. Так, против всех утвердившихся в политической доктрине принципов, он приходит к мысли о необходимости раскрыть весь «стыд венца» Ивана IV, полагая, что это пойдет на пользу отечеству и в назидание потомкам.
Произвол властей должен вызывать протест со стороны подданных, которые через него реализуют свой гражданский долг. Так, подданные обязаны протестовать против правления царя, охваченного «презельной яростью» и пламенем гнева, способного убивать неповинных и разрушать целые города. Недопустимо, чтобы царский престол занимал (даже по праву наследования) царь, в сердце которого вечно горела бы нетушимая «язва мести», толкавшая его выступать в отношении своих подданных в качестве «миро и рабоубителя».
Злонамеренность власти он усматривает прежде всего в покушении на физическую, правовую и имущественную безопасность личности, а также в формах внесудебной расправы с подданными — в нарушении всего порядка государственной и общественной жизни. Гражданский долг подданных выражается в праве народа на оказание сопротивления подобной власти.
Дьяк обсуждает не только вопрос о необходимости оказания сопротивления злонамеренной власти,
но и формах его организации. По-видимому, он не отрицает и тайных мероприятий. Так, умысел на действенное оказание сопротивления царю-злодею, нарушающему законы, он называет «тайномыслием», а его реализацию предполагает осуществлять через посредство создания тайных собраний («таемых вещей совета»). «Тайный совет» следит за соблюдением «уставов» (законов), не допуская их нарушений ни словом, ни делом. Теоретическим оправданием подобных действий служит иосифлянский тезис о необходимости установления различий между понятием царского сана и персоной, его носящей. Почти дословно следуя за формулировкой Иосифа Волоцкого, Тимофеев повторяет, что царь только «по достоинству власти приближается к Богу», оставаясь по своей природе человеком, и царский сан не пострадает от того, что обуреваемый жесточайшими пороками властитель будет ограничен в своих действиях подданными, а в чрезвычайных случаях — даже убит. Так, дьяк предполагает, что «жестокий» и «презельный» тиран Иван IV был убит: «некоторые говорят, что приближенные раньше времени погасили жизнь грозного царя, чтобы сократить его ярость». Притом тираноубийство не было противно Богу, который допустил его, и смерти этого властителя радовались не только свои подданные, но и другие страны, которые также страдали от его злобы.Такая схема рассуждений дает все основания для вывода о том, что мысль о праве на оказание сопротивления злонамеренному властителю, законопреступному в своей практике реализации власти, была Тимофеевым не только воспринята, но и развита. Намеки Иосифа, продолженные Курбским, были разработаны Тимофеевым, который воспринял идею, расширил ее социальную и политическую базу, ввел новую терминологию для выражения своих взглядов.
Дьяк воспринял классификационные принципы законодательства, разработанные в трудах Максима Грека, Зиновия Отенского, А. Курбского. В его терминологии часто встречаются такие слова, как «естественный закон» и «уставной закон» (под последним он понимает нормы положительного права). Тимофеев подчеркивает, что естественные законы (иногда он называет их «разумными», понимая их как требования здравого разума) «некасаемы» людьми, поскольку эта категория вечная и неизменная. Видимо, он, как и Курбский, исходит из представления о незыблемости естественно-правовых положений, отражающих вечно справедливое и разумное начало. «Уставные законы», на основании которых организована общественная жизнь, должны соответствовать естественным. К «уставному законодательству» Тимофеев относит все действующее законодательство (начиная с «первых самодержавных царей уставов»).