Законодательная власть, по его проекту, осуществляется монархом совместно с однопалатным органом — Сенатом, состоящим из 600—800 депутатов. Сенату дозволено «... с приказанием и по усмотрению монархов российских делать указы вновь, старые поправлять или уничтожать... и сверх того, пошлины в государстве налагать... войну продолжать и заключение трактатов с соседними державами наблюдать». Но «конечное повеление» принадлежит только монарху. Сам представительный орган должен «никаких узаконений без изволения и приказания монархов в России не предпринимать, не делать». Сенату также вручается еще и высшая судебная власть.
В Сенат могли быть избраны депутаты от всех сословий: помещиков, купцов, ремесленников, духовенства и интеллигенции («училищных») по избирательному праву с умеренным цензом, различным для разных сословий. Депутаты избираются на пять лет и могут быть в дальнейшем переизбраны, но не более чем на три срока. Сенаторы из своего состава избирают ежегодно президента, который и представляет монарху все дела, требующие решения. Все сенаторы равноправны независимо от их сословной принадлежности.
Для заседаний Сената и «жилья» сенаторов Десницкий рекомендует «построить в Москве и Санкт-Петербурге особливые здания».
В предложениях по учреждению судебной власти Десницкий разработал ряд положений конституционного характера. Он считал необходимым полное отделение судопроизводства от администрации, введение равного для всех сословий суда присяжных, установление гласности и непрерывности процесса, предоставления обвиняемому права на защиту.
Судительная власть распределяется по всей империи. Для России требуется, чтобы «по крайней мере в восьми местах известное число искусных судей безотступно присутствовало».
Во всех этих местах «для скорого отправления дел» судительная власть «должна состоять из двенадцати человек». Это — «генерал-адвокат, четыре генерала — судьи криминальные. Прочие семь должны быть генералы — судьи тяжебных и криминальных дел вместе, где совокупно со всеми двенадцать судей составлять будут».
Низшая судебная инстанция определена в проекте Десниц - кого в виде всесословного судебного органа при местной административной власти. Таким образом, здесь он проявил определенную непоследовательность, не доведя до конца осуществление принципа независимости суда.
Исполнительная власть у него осуществляется монархом, обладающим правом отлагательного вето, и высшими органами управления — коллегиями, имеющими двойное подчинение: монарху и Сенату.
У Десницкого есть еще и наказательная власть, которая вручена воеводам в губерниях и провинциях. Они назначаются непосредственно монархом, но в своей деятельности подотчетны губернскому суду, который принимает жалобы на действия воевод и публично их рассматривает.
Применять наказательную власть он советовал с осторожностью, «чтоб строгость за предел не выходила».
Десницкий осуждал «бесчестные и публично поносительные» наказания, а также всякого рода «шельмования», предусмотренные Артикулом воинским (1715) и имевшие место в российской наказательной практике.
В дополнение к наказательной власти Десницкий предусматривает еще и гражданскую власть, которой он наделяет выборные органы местного самоуправления в городах.
Компетенция всех пяти властей должна быть строго определена законом. От деятельности этих властей «все блаженство подданных состоит».
Законодательная власть у всех народов считается самой главной, однако, — подчеркивает Десницкий, — весьма важно и исполнение законов, «без которого самые наилучшие и премудрейшие узаконения недействительны». Лучше не иметь законов, чем иметь и не исполнять.
Применение смертной казни он считал допустимым только в двух случаях: умышленное убийство и измена родине, но возражал против «мучительских» способов ее исполнения.
Десницкий требовал строжайшего соблюдения законности в практике государственной жизни.
В вопросах внешней политики он придерживался мирной ориентации, полагая, что все державы обязаны развивать между собой дружественные торговые отношения, которые будут препятствовать войнам. Рассматривая итоги наиболее крупных исторических войн, он характеризовал их результаты как отрицательные. Однако необходимость армии как средства «защищения от неприятельских нападений» Десницкий признавал и считал священным долгом каждого подданного защиту своего отечества. Одновременно он предупреждал о том, что содержание большой армии дорого и опасно. «В государствах, в которых одна военная сила и военное чиноположение, свободные науки и художества не процветают».