Среди противников Иосифа Волоцкого не было Нила Сорского. В научных трудах, посвященных духовной жизни русского общества конца XV — начала XVI в., нередко говорится о борьбе между этими двумя церковными деятелями. На самом деле борьбу против Иосифа вел Вассиан Косой, между собой боролись "иосифляне" и "нестяжатели", взгляды которых не во всем совпадали со взглядами Иосифа и Нила. Факты свидетельствуют, что при всех разногласиях по вопросам устройства монастырского общежития в главном Иосиф Волоцкий и Нил Сорский были едины, а именно: в оценке "ереси жидовствующих" как чрезвычайно опасного для русского общества и православной церкви движения. Около 1504 г. Нил Сорский переписал совместно с Нилом Полевым "Просветителя" Иосифа Волоцкого. Впоследствии он преподнес созданный в результате этого парадный список данного произведения в дар Иосифо-Волоколамскому монастырю.
Особо опасной для православия и, следовательно, духовных устоев русского общества "ересь жидовствующих" должна была представляться, помимо прочего, еще и потому, что захватила сознание не только многих рядовых священнослужителей, но и высших иерархов русской церкви, а также влиятельных государственных деятелей и даже членов семьи Ивана III, в том числе его внука Дмитрия, бывшего с февраля 1498 г. до марта 1499 г. официальным наследником великокняжеского престола. Отчасти ересь увлекла и самого великого князя. В дошедшем до нас "Послании вельможе Иоанну о смерти князя", автором которого считается Иосиф Волоцкий, кроме обвинений Ивана III в убийстве своих братьев — удельных князей, боровшихся с ересью, содержится прямой намек на то, что этот Московский государь потворствовал еретикам. "Где бо уши, иже ни слышати хотящая еретическая развратна преданиа?" — обращается автор послания к Ивану III. Практические действия великого князя, направленные на ослабление монастырей, воспринимались Иосифом Волоцким как дополнительное доказательство того что князь подпал под влияние "ереси жидовствующих".
Подобные факты побуждали Иосифа обратиться к размышлениям о государственной власти. В том же направлении толкал его мысль и ход борьбы против "ереси жидовствующих". Вплоть до 1503 г. эта борьба шла трудно. Специальный церковный Собор против еретиков, состоявшийся в октябре 1490 г., осудил за приверженность к "ереси жидовствующих" нескольких рядовых священнослужителей на низвержение из сана и заточение, оставив в неприкосновенности главных ее идеологов. Поэтому указанная ересь продолжала распространяться. Только в конце 1503 г., после того как состоялась личная беседа Иосифа Волоцкого с Иваном III о еретиках, положение изменилось. В декабре 1504 г. церковный Собор осуждает главных на то время еретиков на смертную казнь. Невестка же Ивана III Елена Волошанка и ее сын Дмитрий еще в 1502 г. были посажены в темницу.
Решающий перелом в борьбе против "ереси жидовствующих" произошел в результате изменения отношения к ней Московского государя. Иосиф сознавал это, как никто другой. Потому что именно он своими посланиями и беседой с Иваном III окончательно убедил великого князя в опасности для Руси данной ереси.
Главный вывод, который вытекал из вышеприведенных фактов, был очевиден: в условиях, сложившихся к началу XVI в. в Московии, судьба православной веры и церкви в огромной степени зависела от характера верховной государственной власти и от того, как эта власть будет действовать. Сделав на основании своего жизненного опыта этот вывод, Иосиф Волоцкий постепенно выработал и собственное представление о том, какой должна быть данная власть, — свой политический идеал.
Этот идеал он, без сомнения, стремился осуществить на практике. Поэтому и обращался к великим князьям Ивану III и Василию III с посланиями, в которых пытался внушить им соответствующие воззрения на их власть, ее сущность, функции и т.п.
В научной литературе, посвященной Иосифу Волоцкому, распространено мнение, что он проповедовал приоритет государственной власти над церковной, отдавал церковь государству, был идеологом самодержавия и т.д. Данное мнение проистекает из очень поверхностного знакомства с произведениями Иосифа Волоцкого и не учитывает фактов его биографии. Иосиф был церковным деятелем и всю свою сознательную жизнь отстаивал независимость церкви, незыблемость ее идеологических догматов. Все его конфликты с великими и удельными князьями проистекали из посягательств последних на независимость его монастыря. Когда же архиепископ Новгородский Серапион поддержал удельного князя Федора в его стремлении полностью подчинить Иосифо-Волоколамский монастырь своим корыстным интересам, Иосиф Волоцкий выступил и против возвышавшегося над ним в церковной иерархии лица.
Отстаивая независимость церковной организации, Иосиф не считал, однако, что государственная власть должна быть поставлена на службу церкви. Его представление о взаимоотношениях государства и церкви не укладывалось ни в принцип "царство выше священства", ни в прямо противоположный ему тезис "священство выше царства".