С 870 г. по 1867 г. православные албанцы находились в юрисдикции Православной Болгарской Церкви — Охридской Архиепископии. В 1767 г. вместе с Охридской Архиепископией они были подчинены Константинопольской Патриархии, стремившейся эллинизировать народы Балканского полуострова. Оправдывая свои устремления, греки–фанариоты утверждали, что албанцы — это в сущности греки, лишь говорящие на албанском языке. В годы духовной зависимости православных албанцев от Константинополя в их школы и богослужение настойчиво вводился греческий язык.
Что касается отношения турок к албанцам, то оно было такое же, как и к другим покоренным Оттоманской империей народам — ислам внедрялся огнем и мечом, не принимающие его беспощадно истреблялись.
3. Движение против духовного и политического гнета в XIX и начале XX вв.
Однако ни господство греков–фанариотов, ни преследования со стороны мусульман не подавили албанцев как нацию. В XIX в. в Албании пробуждается и быстро растет сильное движение против власти фанариотов. Создается албанская азбука; появляется национальная литература. Большую роль в духовном возрождении своего народа в это время сыграли православные албанцы, несколько ранее эмигрировавшие в Болгарию, Румынию и США. Они основали национальные «дружества», которые деятельно распространяли национальную литературу.
Конец XIX — начало XX столетий ознаменовались в истории Православия в Албании резким разделением в среде духовенства: на высшее и низшее. Епископат, состоящий из греков, всеми способами стремился продолжить эллинизацию албанцев. Большинство же низшего духовенства, по национальности албанского, i выступило за введение в богослужение своего языка и вообще за i восстановление местных церковных традиций.
4. Стремление к провозглашению автокефалии
В 1912 году, после поражения Турции в одной из балканских войн, которую балканские страны вели, опираясь на поддержку России, Албания была провозглашена независимым государством — господство турок в Албании закончилось. А в 1920г. была подтверждена независимость Албании.
С получением политической независимости в стране развивается широкое движение за провозглашение церковной автокефалии. Это движение шло «снизу», от народа, от низшего духовенства. Решение об объявлении Албанской Православной Церкви автокефальной было принято в 1922 г. на «Великом Албанском православном церковно–народном соборе», состоявшемся в г. Берате под председательством протопресвитера Василия Марко. Собор избрал первым национальным епископом архимандрита Виссариона (Джованни), по происхождению албанца, окончившего Богословский факультет Афинского университета. В момент избрания архимандрит Виссарион проходил священническое служение в одном из храмов г. Софии. Бератский Собор определил найти и других кандидатов во епископы Албанской Православной Церкви, а также избрал Временный верховный церковный совет, который до 18 февраля 1929 г. (времени образования св. Синода Албанской Православной Церкви) имел в Албанской Православной Церкви верховную церковную власть.
Спустя несколько месяцев из Константинополя в Албанию прибыл епископ Мелитопольский Иерофей в качестве специального Патриаршего Экзарха по делам Албанской Церкви. По прибытии в Албанию он занял свободную Корчинскую кафедру. Решения Бератского Собора Патриарший Экзарх не отверг и в своей текущей архипастырской работе руководствовался указаниями Временного верховного церковного совета.
В 1923 г. сторонники албанской церковной автокефалии начали официальные переговоры с Константинопольской Патриархией. Поначалу они ограничивались требованиями лишь церковной автономии. Патриархия в принципе не возражала против автономии, но потребовала, чтобы богослужебным языком в Албанской Церкви оставался только греческий язык. Албанцы категорически отказались выполнить это требование, и отношения с Константинополем обострились.