Подобные мероприятия новой Республики создали благоприятные условия для восстановления Православной Церкви, запрещенной и разрушенной до основания фашистами. Но Церковь была без епископа, не имелось даже кандидатов на этот пост. В связи с этим она обратилась с просьбой к Церкви–Матери в Сербию. Однако Сербская Церковь сама нуждалась в кандидатах для епископского сана. Патриарх Гавриил в то время находился на лечении в Швейцарии после освобождения из концлагеря в Дахау (Германия). Более половины 1945 года прошло в поисках кандидата во епископа. Вместе с тем усердно восстанавливались храмы, организовывались приходы. 15 октября 1945 г. в Прагу прибыл от Святейшего Патриарха Алексия I архиепископ Орловский и Брянский Фотий. Русское духовенство и верующие, окормлявшиеся епископом Сергием, а также принадлежавшие к карловацкому расколу, воссоединились с Матерью — Русской Православной Церковью. Вслед за ними духовенство Чехии и Пряшевщины подало прошение Святейшему Патриарху Алексию о принятии под его первосвятительский омофор, а Священному Синоду Сербской Церкви было направлено прошение о разрешении на выход из ее юрисдикции.
В результате прошения православных чехов и словаков начались переговоры между Русской и Сербской Церквами, приведшие к тому, что Архиерейский Собор Сербской Церкви своим определением от 19–20 марта 1946 г. дал согласие на то, чтобы Патриарх Московский и всея Руси Алексий направил в Чехословакию епископа Русской Церкви для временного возглавления Чешской епархии. Тот же Архиерейский Собор удовлетворил прошение 18 православных приходов Пряшевщины, входивших раньше в Мукачевскую епархию, о включении их в состав Чешской епархии. Приходы Мукачевской епархии, оказавшиеся после Второй мировой войны на территории Советского Союза, были присоединены к Русской Православной Церкви несколько раньше. Акт их передачи совершил прибывший из Югославии в Москву епископ Мукачевский Владимир (Раич) на состоявшемся по этому поводу 22 октября 1945 г. заседании Священного Синода под председательством Святейшего Патриарха Московского и всея Руси Алексия. На данном заседании епископ Владимир огласил письмо председателя Священного Синода Сербской Церкви Митрополита Иосифа, в котором сообщалось решение Синода о передаче Мукачевской епархии в юрисдикцию Церкви Русской. После прочтения письма Преосвященный Владимир заявил о своем согласии на эту передачу. В заключение он сказал, что как он сам, так и «вся Сербская Церковь сердечно рады, что епархия Мукачевская входит в состав своей родной Русской Православной Церкви, и пожелал ей преуспеяния под защитой Русской Православной Церкви, на которую теперь взирают с большими надеждами все православные народы»
[652]. Окончательно Сербская Православная Церковь отпустила Чехословацкую Православную Церковь в юрисдикцию Московского Патриархата решением своего Священного Архиерейского Собора от 15(2) мая 1948 г. Таким образом, в 1948 г. на всей территории Чехословакии установилась единая юрисдикция Русской Православной Церкви.Принимая в свое ведение Чехословацкую Православную Церковь, Священный Синод Русской Православной Церкви внимательно ознакомился с ее положением, обычаями, практикой и определил: признать и утвердить церковно–административную и обрядовую практику в том виде, как она была заведена с благословения Сербской Церкви приснопамятным епископом Гораздом (с пожеланием лишь, чтобы Чешская Церковь постепенно перешла от празднования западной пасхалии к восточной); считать всех русских, проживающих в Чехословакии, членами Чешской Церкви; образовать на территории Чехословакии Экзархат в составе двух епархий — Чешско–Моравской и Восточно–Словацкой; назначить на кафедру Экзарха Московской Патриархии с титулом архиепископа Пражского и Чешского епископа Ростовского и Таганрогского Елевферия (Воронцова) с местожительством в г. Праге. Правительство Чехословакии не возражало против осуществления этих решений и признало на своей территории только одну юрисдикцию Русской Православной Церкви.