Дело Переца между тем приняло нехороший оборот: носились слухи, что преступление совершено было по высшему приказанию. Процесс тянулся более 10 лет. Филипп держал Переца в постоянном страхе, что он выдаст его суду, отбирая у него доказательства собственного участия: наконец, когда он был уже не нужен ему, он действительно его выдал. Перец выдержал несколько пыток, не назвав имени короля. Наконец, когда он увидал, что король отказался от него, он бежал в Арагонию. Арагонские чины хотели защищать его; тогда Филипп послал туда войско под начальством Альбы; они были разбиты, последний юстиц арагонский Лануза был казнен, и с ним пресеклась его должность, напоминавшая средневековые нравы. Перец, однако, нашел средство убежать и оттуда и провел остаток дней своих во Франции и Италии, бегая от преследования подкупленных Филиппом убийц и разоблачая везде тайны Филипповой политики. Эти показания его составляют самый любопытный документ истории (сведения о всем этом можно найти у Минье в его Don Antonio Perez. Может быть, нигде так, как здесь, не открывается это преобладание гибельных начал политики Макиавелли; видно, что Перец пропитан ими, и они близко знакомы были Филиппу II).
На место Дона Жуана назначен был сын Маргариты Пармской, герцог Александр Фарнезе Пармский, один из замечательнейших полководцев тогдашнего времени. Вообще все величайшие полководцы в Европе в это время были или испанцы, или находились в испанской службе. Если бы личные таланты могли поправить дело Нидерландов, то, конечно, Александр Фарнезе был бы в уровень с требованиями своего положения. Но обстоятельства были такого рода, что о примирении нечего было и думать. Из 17 областей только 3 изъявляли готовность служить Испании; 14 находились в явном восстании. Войска было потеряно более половины, не только в войне, но от недостатка дисциплины. Кроме того, другие державы в Европе начинали принимать участие в этой распре. Эрцгерцог Матвей Австрийский был призван некоторыми областями в штатгальтеры; другие области, говорившие французским языком, призвали герцога Франца Алонсонского и провозгласили его протектором; между ними с неопределенными правами стоял Вильгельм Оранский. Он был душою всего восстания; к нему стекались толпами на службу освобождения Нидерландов. Франц Алонсонский привел с собою значительную часть католического дворянства, желавшего помириться с испанцами. В 1579 году принц Вильгельм, чтоб дать прочность восстанию областей, побудил северные провинции к заключению Утрехтского договора. Акт этот вначале не имел того значения, которое получил впоследствии. Это была договорная грамота, в которой 7 областей положили защищаться против испанского правительства; общие дела положено решать сеймом чинов; во главе их поставлен наместник короля Вильгельм Оранский. Впрочем, окончательного разрыва с Испанией еще не было. Но эта грамота, возникшая тогда из временных потребностей, легла впоследствии в основу всего устройства Соединенных Штатов нидерландских; но не таковы были мысли составителей ее вначале. От 1579–1581 война шла нерешительно. Главные интересы сосредоточивались на переписке между Филиппом и Вильгельмом Оранским. Филипп издал манифест, в котором пред лицом всей Европы торжественно уличал Вильгельма в измене и со своей точки зрения действительно указывал на некоторые поступки последнего, которые не соответствовали подданству. Вильгельм, со своей стороны, издал оправдание, где, между прочим, излагал теорию монархической власти, как он понимал ее: это замечательнейший акт. В 1581 году он побудил северные области объявить Филиппа лишенным прав и себя правителем, не зависимым от Испании. Мы не можем здесь входить в военные подробности, тем более что война состояла из мелких сшибок, где хотело выказать себя военное искусство. В Нидерланды ездили тогда учиться военному искусству под начальством нидерландцев и испанцев, и, действительно, здесь были положены начала новой военной науки. Но Матвей Австрийский скоро был отсюда удален, ибо он был человек бездарный, без влияния. Франц Алонсонский также скоро сошел со сцены вследствие открывшегося коварного его намерения овладеть Антверпеном и другими городами; он удалился во Францию, где умер в 1583 году. Единственным вождем остался Вильгельм Оранский. В 1584 г. он также сошел со сцены.