Но не одна Ост-Индия была театром португальских подвигов. Кабраль, португальский мореплаватель, сбившись с дороги, занесенный ветром, пристал к берегам Бразилии и принял ее во владения португальского короля. Известно, какие результаты для Европы имела торговля португальцев: открытия их вытеснили со всех рынков европейских венецианцев; торговля пряностями перешла в их руки. Первоначально это сильно обогатило португальцев; в начале XVI столетия нигде не было такой роскоши, такого богатства, как в ней. Не должно забывать, что груз корабля, приходившего из Индии, давал 100, 200 процентов чистой прибыли. Венецианцы прежде пользовались еще большими барышами: они брали по 400 на 100. Но что выиграла отсюда Португалия? Пряности и индийские произведения оказались такими же ненадежными, можно сказать, вероломными продуктами для Португалии, как золото для Испании. Ни Испания, ни Португалия не умели пользоваться богатствами, которые доставляли им случай и отвага. В двадцатых годах XVI столетия в лиссабонскую гавань входят суда английские, ганзейские, нидерландские, покупают у Португалии товары и перевозят их в Антверпен и на другие европейские рынки, даже на отдаленный Север. Этим купцам товары португальцев доставались дешево. Португалия не умела соображать своих потребностей с приходами: она покупала дорого все, что ей нужно было для домашнего употребления. Между тем барыш с индийских товаров был только номинальный: она выменивала свои товары на товары других высокой цены. Результаты всего этого скоро обнаружились. Во второй половине XVI столетия является здесь общее обеднение народа, именно низшего класса; богатства скопляются в руках немногих купцов и аристократии, принимавшей участие в торговых оборотах.
К довершению несчастья к этим крайностям присоединилось то, что при короле Иоанне III, преемнике Эммануила, иезуиты получили в Португалии великое влияние. Они-то завели в Португалии порядок вещей, сообразный с их стремлениями, с целью их ордена; они-то убили в народе ту живость, ту деятельность, которую замечаем мы в конце XV и начале XVI столетия. Ни в одной, может быть, стране иезуиты не были так вредны и гибельны, как здесь. При их содействии введена была инквизиция; они овладели воспитанием народным, овладели умом короля. Не довольствуясь влиянием своим в одной Португалии, они рассеялись и в заморских ее владениях. Конечно, они гордились тем, что обратили здесь многих в христианство, но это обращение было чисто внешнее: они искажали часто самое христианство, приноравливая его к понятиям диких племен Бразилии. Иезуиты создали в Южной Америке общество, в котором осуществляли свой идеал гражданского порядка, общество парагвайское.
Внук и преемник Иоанна III Себастьян был воспитан иезуитами. Он был человек даровитый, смелый, обещавший блестящее царствование, но его ум и характер были рано испорчены иезуитами. Он вступил на престол юношей под опекой своего дяди, лишенный всякой самостоятельности, готовое орудие для целей ордена. Но иезуиты ошиблись в своих надеждах. Получив самостоятельность, молодой король начал думать об изгнании турок из Европы. Разумеется, с средствами Португалии это сделать было очень трудно, и подобная мысль обличает в короле отсутствие практического смысла. Приготовляясь к этому делу, он вмешался в распрю марокканского владетеля с дядей, сверженным им с престола, и в 1578 г. выступил на помощь последнему. Армия составлена была из лучших сил Португалии. Это был цвет дворянства и воинственного народонаселения. Неопытность короля и таланты его противника были причиной поражения португальцев при Альцазаре-Квирере. Король погиб без вести в этом сражении. Пользуясь этим обстоятельством, явились четыре самозванца: первые три были действительно таковы: но относительно четвертого есть факты, которые придают какой-то загадочный, таинственный свет этому человеку; он был взят и повешен по приказанию короля. Как бы то ни было, португальский престол достался старому родственнику Себастьяна кардиналу Генриху. Он умер после годового царствования в преклонных летах. Настоящего преемника мужского пола не оставалось. Инфант Дон Антонио де Прато, племянник Иоанна III, предъявлявший права свои, в сущности, не был законным наследником, ибо мать его была еврейка и брак ее с отцом инфанта не был доказан. Но португальское народонаселение держалось его, ибо он был последним представителем национальной династии. Между тем искателей престола нашлось много: герцог Пармский, Филипп II и некоторые аристократические фамилии, особенно Браганцская. Выбор народа пал на Антонио, но Филипп не дал усилиться противнику: в 1580 годах армия его под начальством 72-летнего герцога Альбы выступила против португальцев. Дон Антонио с первого раза был разбит. Альба занял почти без сопротивления всю страну, и в Лиссабоне провозгласил королем Филиппа.