Во время венчания Лжедмитрия на царство, совершенное новым митрополитом Игнатием, всех смутило появление в церкви с приветственной речью польского иезуита Николая Черниковского; речь была произнесена на латыни. Дальше – больше: самозванец глумился над православными церковными обычаями, называя их суеверием, не позволял креститься перед святыми иконами, лучшие здания в ограде Кремля отдавал иезуитам. «Вы видите благочестие только в том, – говорил он духовным лицам и мирянам, – что сохраняете посты, поклоняетесь мощам, почитаете иконы, а о существе веры не имеете понятия. Почему вы презираете иноверцев? Что такое веры латинская, лютеранская? Они такие же христианские, как и греческая, так же верят в Христа. Если было семь соборов, то отчего не может быть восьмого, десятого и более? Пусть всякий верит по своей совести. Я хочу, чтобы в моем государстве все отправляли богослужение по своему обряду». Такая религиозная индифферентность в устах царя для России была неприемлема, и народ начал волноваться. Этим воспользовались некоторые бояре во главе с Василием Шуйским, хотя именно он был одним из первых, кто призывал народ свергнуть Годуновых и поставить на царство Лжедмитрия. Они составили заговор против Лжедмитрия и подключили к нему недовольных стрельцов. Среди церковных деятелей к заговору присоединились противники какого-либо общения с иноверцами; такими деятелями, прежде всего, были казанский митрополит Гермоген и коломенский епископ Иосиф. А в Риме и Кракове тем временем праздновали победу. После коронации папа Павел V писал Лжедмитрию: «Мы уверены, что католическая религия будет предметом твоей горячей заботы, потому что только по нашему обряду люди могут поклоняться Господу и снискать Его помощь. Убеждаем и умоляем тебя стараться всеми силами о том, чтобы народ твой принял римское учение, и в этом деле обещаем тебе нашу деятельную помощь. Посылаем монахов, а если будет тебе угодно, то пошлем и епископов… Верь, что ты предназначен от Бога к совершению этого спасительного дела, причем большим вспоможением будет для тебя твой благородный брак». Папа торопил Лжедмитрия обручиться с убежденной католичкой Мариной Мнишек и поручил обвенчать их тайно во время Великого Поста. Успех вскружил голову самозванцу: он приказал сделать себе трон из чистого золота с кистями из бриллиантов и жемчуга, на коне в богатых польских одеждах он подъезжал к входу Успенского собора. Лжедмитрий очень любил хорошую музыку и щедро оплачивал своих польских музыкантов; его капелла впервые в России стала исполнять симфоническую музыку. Уже повенчанная с Лжедмитрием тайно, Марина Мнишек торжественно въехала в Москву для прилюдного венчания и была помещена в Вознесенский монастырь, где обычно селились царские невесты перед свадьбой. Рядом с ее кельей поселили мнимую мать жениха Марию Нагую, инокиню Марфу. С актом принятия православной веры Марина играла комедию: было решено одновременно, единым целованием креста, принять Православие, короноваться и оформить брак. Руководил патриарх Игнатий. Это было 8 мая 1606 г., а 17 мая под руководством Василия Шуйского началось народное восстание, во время которого, как во время всякого русского бунта, было множество жертв, среди них – три кардинала, четыре ксендза, иезуиты и поляки. Самозванец был убит, а его обнаженный и обезображенный труп таскали по улицам Москвы четыре дня, после чего тело было сожжено, а прах развеян. Марину пощадили, не ведая, сколько бедствий для России будет связано с ней впоследствии. На следующий день после убийства Лжедмитрия патриарх Игнатий был без суда и следствия низложен и заточен в Чудовом монастыре. В 1620 г. патриарх Филарет перед собором, подводя итоги Смутному времени и патриаршеству Игнатия, говорил: «Патриарх Игнатий, угождая еретикам латинской веры, в соборную церковь Пресвятой Владычицы нашей Богородицы ввел католичку Маринку, святым крещением по христианским законам ее не крестил, а только миром помазал, а затем венчал ее с расстригой, и обоим врагам Божиим, расстриге и Маринке, подал Пречистое Тело Христово и Святую Кровь пить. За такую вину священники Русской Церкви изринули Игнатия от престола и от святительства как презревшего правила святых апостолов и святых отцов». Игнатий провел в монастыре пять лет, пока при царевиче Владиславе в 1611 г. на короткий срок вновь не был возвращен на патриарший престол. Сразу после переворота на царский престол был возведен предводитель восстания, последний представитель дома Владимира Святого князь Василий Иванович Шуйский, названный в манифесте «поборителем по Церкви Божией и по православной вере». Коронация прошла через неделю в Успенском соборе, руководил действом митрополит Исидор Новгородский. Царь Василий тут же послал в Старицу к сосланному патриарху Иову с предложением вернуться на патриаршество, но престарелый и слепой Иов отказался, указав как на преемника на митрополита Гермогена (некоторые историки называют его Ермоген) Казанского.
Покров Пресвятой Богородицы.