Патриарх Иоасаф скончался в конце 1640 г. Больше года у него не было заместителя, поскольку в Церкви готовилась большая реформа, связанная с экономической деятельностью монастырей, и поэтому новый патриарх, в отличие от предыдущего, должен был обладать достаточной энергией и самостоятельностью, чтобы эту реформу твердо совершить. Выбор пал на архимандрита Симонова монастыря Иосифа, который после соответствующей процедуры был возведен на патриарший престол в марте 1642 г. При нем, но уже при новом царе Алексее Михайловиче в 1649 г. было издано знаменитое «Уложение», в котором проводилась идея об использовании церковных владений в общегосударственных интересах. Впоследствии патриарх Иосиф стал одним из знамен русского старообрядчества – для них он был последним перед ненавидимым ими патриархом Никоном истинно православным первосвятителем на Руси. Действительно, патриарх внимательно следил, чтобы никакие веяния с Запада не проникали в богослужение Русской Церкви. Иосиф был человеком деятельным, стараясь в меру своих возможностей развивать образование, церковные обряды он старался упорядочить, хотя и не разрешал трогать их существо, много внимания патриарх уделял исправлению нравов духовенства. Эта бурная деятельность подорвала слабые силы старика, и Иосиф в 1652 г. скончался, пережив на семь лет царя Михаила. Михаил умер в 1645 г.; перед смертью, будучи в ясном сознании, он призвал царицу, шестнадцатилетнего сына Алексея, боярина Бориса Морозова и патриарха. Затем благословил сына на царство, простился с царицей и сказал Морозову: «Тебе, боярину нашему, поручаю сына и со слезами прошу: как нам ты служил и работал с великим веселием и радостью, оставя дом, имение и покой, пекся о здоровье нашего сына и о научении страху Божию и всякой премудрости, жил в нашем доме безотступно в терпении и беспокойстве тридцать лет и соблюл его как зеницу ока – так и теперь служи». Результаты совместной деятельности царя Михаила и патриарха Филарета нельзя назвать успешными; это относится, прежде всего, к событиям внешней политики. Шведам удалось захватить ряд русских городов еще в Смутное время; среди них был Новгород. В первые годы своего правления Михаил попытался отвоевать их, но потерпел поражение в войне со Швецией, и в результате заключенного мира Россия потеряла побережье Балтийского моря и окрестности Ладожского и Онежского озер. Так был перекрыт доступ к морю, и только внук Михаила Петр Великий, разбив шведов, смог снова «пробить окно в Европу», присоединив к России прибрежные территории. Польское войско оккупировало Смоленск и близлежащие города и было остановлено на пути в Москву. В 1616 году была сделана неудачная попытка осадить Смоленск, после которой между Россией и Польшей был заключен мир на 15 лет. Во время переговоров литовский канцлер Лев Сапега попытался уговорить послов поставить на московский престол сына короля Сигизмунда Владислава, но получил такой ответ: «Не дали вы нам королевича тогда, когда мы все его хотели и долго ждали; потом много крови было пролито, и мы другого государя себе выбрали, крест ему целовали, венчан он уже венцом царским, и мы не можем от него отступить; хотим заключить перемирие между государями, если вы уступите нам Смоленск, Рославль, Дорогобуж, Вязьму, Козельск и Белую». Подобные претензии русских выглядели в создавшейся ситуации нелепыми, так что для заключения перемирия России пришлось отдать Польше еще несколько городов и заплатить большую контрибуцию. Срок перемирия с Польшей истекал в 1631 г., и российское правительство стало готовиться к войне, а весной 1632 г. скончался польский король Сигизмунд. Был созван земский собор, на котором было решено отомстить полякам за прежние поражения и нанесенные обиды, и отобрать захваченные ими у России города. Начавшаяся война окончилась ничем, и между Москвой и Польшей был заключен «вечный мир». В конце царствования Михаила произошли еще два безрезультатных события. Донские казаки захватили Азов и выход к южным морям, однако их просьбы к царю о военной помощи остались без положительного ответа – нерешительный Михаил испугался возможной войны с Турцией и крымскими татарами, приказав казакам покинуть занятые ими важные территории. Весной 1642 г. царь Михаил отправил в Данию послов с предложением брака его дочери Ирины с королевичем Вольдемаром, которому были обещаны несколько русских городов и 300 ООО рублей в качестве приданого. Приехавшему в 1644 г. королевичу царь предложил принять православную веру, от чего тот категорически отказался и попросил отпустить его домой. Патриарх предложил по этому поводу устроить диспут о христианских верованиях, но королевич был непреклонен. Ни Вольдемара, ни его свиту не отпускали из Москвы, надеясь в конце концов уговорить его. Скоропостижная смерть Михаила позволила датчанам благополучно покинуть Россию. Такой религиозной нетерпимости до Филарета и Михаила в России не было – цари и великие князья со времен Киевской Руси смотрели на подобные ситуации спокойнее и шире: Иван III отдал свою дочь за польского короля католика Александра; известны многочисленные случаи браков между русскими невестами царского рода и иностранцами и иноверными западными правителями.