Полоцкий основал в Москве литературно-научную школу, известным представителем которой стал Сильвестр Медведев. Скончался Симеон в 1680 г. и был похоронен в Заиконоспасском монастыре. Его труды неоднократно переиздавались.
Последним трудом Симеона Полоцкого стала грамота для новой Академии – высшего училища, которое решил устроить царь Федор. Эта Академия управлялась советом профессоров под председательством избираемого из их среды ректора; им было позволено приобретать всякого рода имущество в полную и безотчетную собственность. Аттестат Академии давал право на занятие высших государственных должностей, даже если получивший его происходил из низших сословий. Академии было поручено заведование всей системой народного образования – без разрешения академии нельзя было открывать новые училища и даже приглашать домашних учителей.
Иностранные ученые, приезжавшие в Россию, должны были выдержать соответствующий экзамен, и только после этого им позволяли жить в государстве.
Вход Господень в Иерусалим.
Академическая конференция являлась одновременно судом по делам веры и благочестия. Сотрудники Академии давали присягу твердо сохранять православную веру. Расположилась Академия на территории Заиконноспасского монастыря; для содержания училища к монастырю были приписаны еще семь вместе с их вотчинами. В качестве учебного пособия царь предоставил академии свою библиотеку. Смерть царя и последовавшие за ней волнения и бунты не позволили в полной мере изложить задуманные Федором просветительские мероприятия. Патриарх Иоаким относился к деятельности академии неодобрительно – он не без основания считал, что обучение ведется там в духе уважения к латинству, поэтому попросил восточных патриархов прислать в Москву учителей, твердых в православной вере. Весной 1685 г. в Россию прибыли два брата – греки иеромонахи Иоанникий и Софроний Лихуды, происходившие из древнего византийского рода. Богословию и философии они учились сперва в Венеции, а затем в Падуанской академии. Вернувшись в Константинополь, они до выезда в Москву успешно проповедовали в кафедральной церкви. Школа Лихудов обосновалась в Богоявленском монастыре, затем для них были отстроены специальные помещения в Заиконоспасском монастыре, где они открыли курс сразу на двух языках – греческом и латинском. Преподавали в школе грамматику, риторику, логику, пиитику и физику. Однако через несколько лет успешной деятельности на Лихудов поступила жалоба от иеромонаха Сильвестра Медведева, настоятеля Заиконоспасского монастыря. В ней ученик Симеона Полоцкого уличал греческих учителей в неправильном истолковании смысла евхаристии. В 1693 г. иерусалимский патриарх Досифей отправил в Москву послание, в котором говорил, что Лихуды не сдержали обещания преподавать в России только на греческом языке и грозил им за обучение на латыни отлучением. Тогда братьев заточили в Ипатьевский монастырь, а их место заняли ученики, которые стали преподавать только на греческом и русском. В 1697 г. новгородский митрополит Иов выпросил у царя Петра I Лихудов для учреждения в Новгороде двух училищ – греколатинского и славянского. Ученики этих заведений впоследствии основали по уездным городам и монастырям епархии четырнадцать школ. В 1690 г. скончался патриарх Иоаким; его сменил казанский митрополит Адриан, последний московский патриарх перед основанием Святейшего Синода.