Тем временем Хмельницкий собрал новое войско, заключив договор не только с Крымом, но и с Венгрией. Начавшаяся война закончилась полным поражением поляков, после чего Зборовский договор 1649 г. был утвержден сеймом. Однако теперь Хмельницкому этого было мало, и в 1654 г. в Переяславле был подписан пакт с Россией о присоединении к ней юго-западных областей, и казачество приняло присягу на верность московскому царю. После этой знаментой Переяславской Рады царь Алексей и патриарх Никон потребовали покорности и в области церковной, т. е. выхода киевской митрополии из константинопольского патриархата и присоединения ее к патриархату московскому, чему всячески противился митрополит Сильвестр. Константинопольский патриархат тоже, естественно, был против лишения его обширной митрополии, но все понимали, что соединение киевской Церкви с Москвой – дело времени, и поэтому церковные и светские власти России не стали в такой ситуации прибегать к насилию и торопить события.
Свято-Троицкий Ипатьевский монастырь.
В 1658 г. скончались Хмельницкий и митрополит Сильвестр – их заменили митрополит Дионисий Болобан и гетман Иван Выговский; оба они тяготели к Польше и к унии в церковных делах, так что присягу Москве принесли вынужденно. С присоединением Украины к России сами собой отпали некоторые проекты иерархов юго-западной церкви по изменению ее статуса – так, например, теперь стало невозможным учреждение в Киеве своего патриархата с униатской ориентацией. Под влиянием усисливавшего давления Рима, укрепившего свои позиции в Польше, три епархии правобережной Украины и Белоруссии перешли в унию. После того как гетман Выговский порвал с Москвой и подписал с Польшей Гадячский договор, митрополит Дионисий покинул Киев и переехал в Чигирин. Таким образом, православные епархии левобережной Украины оказались без митрополита, и для них в 1659 г. Москва назначила местоблюстителем черниговского епископа Лазаря Барановича, что положило начало церковному двоевластию. Московский собор 1667 г., на котором присутствовал епископ Лазарь, собирался рассмотреть вопрос о подчинении киевской митрополии московскому патриарху, но восточные патриархи Александрии и Антиохии отказались обсуждать это предложение в отсутствие патриарха константинопольского. Тем не менее Лазарь Баранович был на соборе возведен в сан архиепископа. Важную роль в церковных делах сыграло подписание в 1667 г. Андрусовского договора между Россией и Польшей. Согласно этому договору между странами было заключено перемирие на 13 лет и достигнуто соглашение о передаче России левобережной Украины с Киевом и его окрестностями; казаки по договору должны были бороться с врагами обоих государств. В 1681 г. мир между Россией и Польшей был продолжен бахчисарайским договором, а в 1686 г. страны подписали так называемый «вечный мир» с тем, чтобы навсегда включить восточную Малороссию с Киевом в состав России. Поляки обязались у себя в государстве дать свободу православной вере и вернуть захваченные униатами церкви и монастыри их законным владельцам. Православным возвращались епархии Луцкая, Львовская, Могилевская и Перемышльская с переводом оттуда униатских архиереев в другие города.
В 1683 г. между гетманом Самойловичем и московским патриархом Иоакимом началась оживленная переписка о постановке в Киеве нового митрополита. Наиболее подходящей кандидатурой оказался Луцкий и Острожский епископ Гедеон, князь Четвертинский; он был представителем древней фамилии, ведущий свой род от Ярослава Мудрого. Епископ Гедеон строго придерживался православной веры и был известен своей борьбой с унией; он высказывал свое расположение к церковным властям Москвы. Митрополита утвердил собор, созванный в Москве в 1685 г. в помещении Успенского собора; утверждение происходило в торжественной обстановке. Однако собор, созванный вскоре в Киеве, высказал протест против избрания Гедеона, поскольку митрополита в Киеве должен утверждать константинопольский патриарх. Чтобы придать законность акту избрания, гетман Самойлович и Гедеон Четвертинский послали в Москву просьбу царю и патриарху отправить к константинопольскому патриарху посольство с тем, чтобы получить его согласие на подчинение киевской митрополии московскому патриархату; при этом они просили оставить Киеву принадлежавшие ему привилегии. В 1687 г. константинопольский патриарх с согласия других восточных патриархов прислал грамоту, утверждающую новый порядок. Так официально закончилось двухвековое разделение единой Русской Церкви; до раздела Польши в конце XVIII в. там осталась Русская Церковь в двух видах: православная и униатская, и у каждой из них была своя драматическая история. В 1688 г. особым указом киевскому митрополиту было запрещено именоваться митрополитом «всея Руси». После смерти митрополита Гедеона Четверинского в 1690 г. его преемником стал Варлаам Ясинский, законно избранный и утвержденный уже в Москве.