Секулярные реформы Церкви, предпринятые Екатериной, усложнили быт приходского духовенства. Ревизионная перепись, которая практически завершилась к 1768 г., сократила штаты приходов, а самые слабые из них вовсе закрыла. При этом, естественно, появились бродячие попы, которые «шатались праздно и в непристойные духовному чину поступки впадали». Часть потерявших место священнослужителей запасалась грамотами своих архиереев для облегчения поисков работы. Некоторые из них кормились физическим трудом, иные за плату распевали псалмы и выполняли простые церковные требы. Острее всего проблема секуляризации стояла в юго-западном крае после упразднения здесь в 1783 г. церковных учреждений и установления наместничества. Борьба с проводимыми властью реформами, в том числе с реформой Церкви, выливалась в народные волнения, среди которых во времена Екатерины самым крупным и жестоким был бунт 1773–1774 гг. под руководством Пугачева. Священники, которые отказывались благословить действия «Пугача», беспощадно убивались. Некоторые священники, спасая свою жизнь и жизнь своих семей, сотрудничали с бунтовщиками. По этому поводу Синодом был выпущен указ, угрожавший таким священнослужителям лишением сана и другими наказаниями, однако впоследствии он был значительно смягчен, хотя только в тамбовском и пензенском краях лишены сана и монашества были 129 человек.
В конце царствования Екатерины обер-прокурором Синода был назначен близкий ко двору граф Мусин-Пушкин. Личная близость прокурора к императрице позволила выхлопотать для Церкви и Синода дополнительные ассигнования, делать личные доклады Екатерине и получать от нее устные указания. С воцарением в 1796 г. Павла I приближенность ко двору синодских иерархов стала более тесной. Павел был гораздо религиознее своей матери. Екатерина много лет готовила сына к принятию трона, но в конце концов разочаровалась в его способностях руководить государством. Она решила передать империю своему любимому внуку Александру Павловичу и даже начала готовить соответствующие документы, но внезапная смерть прервала эти планы. Правление Павла I большинство литераторов описывает как стремление ввести в России прусские порядки, а в армии – ту же прусскую жестокую муштру. Однако некоторые серьезные историки, и в первую очередь Ключевский, считают иначе. Он писал: «Император Павел I был первый царь, в некоторых актах которого проглянуло новое направление, новые идеи… Это царствование органически связано как протест – с прошлым, а как первый, правда, неудачный опыт новой политики, как назидательный урок для преемников – с будущим. Инстинкт порядка, дисциплины и равенства был руководящим побуждением деятельности этого императора, борьба с сословными привилегиями – его главной задачей. Т. к. исключительное положение, приобретенное одним сословием, имело свой источник в отсутствии основных законов, то император Павел начал создание этих законов!» Издание новых законов Павел начал в 1797 г. законом о престолонаследии; он был необходим, т. к. действовавший закон Петра I давал неограниченное право действующему государю.
Следующие указы Павла касались привилегий, данных Екатериной дворянству, которое занимало руководящие должности в органах управления. С этих указов началось усиленное развитие бюрократии в России. Павел I отменил соответствующие грамоты Екатерины от 1775 г. и 1785 г.; он хотел заменить дворянство чиновниками, отменил дворянские собрания и выборы, ввел телесные наказания для дворян наряду с другими сословиями. Психологически такие действия императора были предприняты, чтобы разрушить побольше из того, что было сделано Екатериной. В не меньшей степени дворяне-помещики были задеты указами, в которых были сделаны первые шаги к отмене крепостного права: помещик не мог требовать от крестьянина больше трех дней работы на него; воспрещалось обезземеление крестьян. Все эти полезные мероприятия власти носили четкий отпечаток вражды Павла к нелюбимой и нелюбившей его матери, и это нарушало последовательность и твердость, необходимые для устойчивости преобразований, как это произошло с раскрепощением крестьян. В конце концов могучие силы государства – дворянство и армия, которую он беспощадно муштровал, – составили заговор против императора. Александр знал о готовящемся перевороте, но требовал, чтобы заговорщики не покушались на жизнь его отца, а лишь заставили его подписать бумагу об отречении от власти. Однако Павел вел себя так буйно, громко зовя охрану и верных подданных, что в результате был убит. Александру доложили, что у Павла перед подписанием отречения случился приступ, но искалеченное тело императора свидетельствовало об ином. Так на русском престоле оказался отцеубийца Александр I Павлович.