В мае 1990 г. на 80-м году жизни скончался патриарх Пимен. Он был погребен в крипте Успенского собора Троице-Сергиевой лавры возле могилы патриарха Алексия I. В день смерти Пимена состоялось заседание Священного синода, на котором местоблюстителем патриаршего престола был избран киевский митрополит Филарет. Синод принял решение созвать в июне поместный собор для избрания нового патриарха. Архиерейский собор предложил трех кандидатов: в результате тайного голосования в первом туре наибольшее число голосов получил ленинградский митрополит Алексий, ростовский митрополит Владимир и киевский митрополит Филарет. На собравшемся поместном соборе к трем кандидатам, избранным на архиерейском, были добавлены еще пять кандидатур. После тайного голосования со значительным отрывом победил митрополит ленинградский и новгородский Алексий. Заседание 8 июля открыл патриарх Алексий II, председатель синодальной комиссии по канонизации выступил с докладом о причислении к лику святых о. Иоанна Кронштадтского. Поместный собор предложил правительству страны свои поправки к закону «О свободе совести и религиозных организациях». Делегаты отметили, что многие вопросы, касающиеся непосредственно деятельности Церкви, должны решаться внутрицерковным законодательством без вмешательства государственных органов.
Церковь Спаса из села Фоминское.
Интронизация патриарха Алексия II состоялась 10 июня 1990 г. в московском Богоявленском соборе. В день интронизации 15-й патриарх московский и всея Руси Алексий II произнес речь: «Многообразны средства для возрождения должного духовного состояния нашего христианского общества, опирающегося на древние традиции нашей Церкви. Мы уповаем на то, что боголюбивая паства будет исполнена стремления содействовать этому возрождению во славу Христа Спасителя и Его святой Церкви. Перед нами стоит великая задача широкого возрождения монашества, во все времена оказывавшего столь благотворное влияние на духовное и нравственное состояние всего общества. Помятуя о своей обязанности научить истине Христовой и крестить во имя Его, мы видим перед собой необозримое поле катехизаторской деятельности, включающей создание широкой сети воскресных школ для детей и взрослых, обеспечение паствы и всего общества литературой, необходимой для христианского научения и духовного возрастания. Будучи многонациональной, Русская православная Церковь вместе с другими христианскими Церквами и религиозными объединениями нашей страны призвана врачевать раны, наносимые межнациональной рознью. С горечью свидетельствуем о все возрастающем беззаконии, чинимом в Западной Украине католиками восточного обряда. Мы прилагаем всемерные усилия для устранения этих мучительных для Тела Христова недугов. Как и прежде, мы будем развивать наши братские отношения с поместными православными Церквами и тем самым укреплять всеправославное единство. Мы видим наш православный долг в развитии диалога и сотрудничества с инославными исповеданиями».
Шатровый купол и колокольня Спасской церкви.
При новом патриархе Священный синод стал заседать каждый месяц, иногда дважды в месяц – это обеспечивало соблюдение канонической соборности в церковном управлении. На заседании в январе 1991 г. было принято решение учредить при московском патриархате два новых отдела – по религиозному образованию и катехизации и по социальному служению и церковной благотворительности. В конце 1990 г. в стране появились православные братства – на Украине их главной целью была борьба с унией и расколом. В 1990 г., в период межпатриаршества, архиерейский собор Русской зарубежной православной Церкви в Джорданвиле принял решение об открытии в Советском Союзе своих приходов. Призыв собора имел отклик в России, особенно в больших городах. В октябре 1990 г. в Свято-Даниловом монастыре под председательством патриарха Алексия II был открыт архиерейский собор, постановлением которого Украинской православной Церкви московского патриархата была предоставлена самостоятельность при сохранении ее юридической связи с Москвой. Грамота о даровании Украинской Церкви независимости и самостоятельности в управлении была вручена в Киеве митрополиту Филарету патриархом Алексием. В ноябре 1990 г. в Киеве был созван I поместный собор Украинской православной Церкви, который осудил раскольнические действия униатов и автокефалистов, вызванные, по мнению делегатов, преимущественно политическими мотивами. Главой Украинской Церкви был избран митрополит Филарет.