Однако подавляющее число православных приходов Украины до нынешнего времени остается под юрисдикцией московского патриархата. Ни одна из поместных Церквей, представляющих Православие в современном мире, не признали УПЦ-КП и ее главу. В мае 1992 г. в Харькове состоялся архиерейский собор, выразивший недоверие митрополиту Филарету, а через месяц архиерейский собор в Москве принял решение: «Извергнуть митрополита Филарета (Денисенко) из сущего сана, лишив его степеней священства всех прав, связанных с пребыванием в клире». Не подчинившись постановлениям московского собора, Филарет созвал собор своих сторонников, на котором собирался объединиться с автокефалистами. Съезд проходил при поддержке президента и правительства страны и решил, что Украинская православная Церковь – киевский патриархат – является правопреемницей Украинской православной Церкви и Украинской автокефальной православной Церкви, всех средств этих Церквей и их имущества, включая храмы, монастыри, учебные заведения и др. Собор заявил, что главой УПЦ-КП считает престарелого патриарха Мстислава, а его заместителем – митрополита Филарета. В 1993 г. Мстислав умер, после чего патриархом был избран священник Василий Романюк, получивший имя Владимир, многолетний узник сталинских и брежневских лагерей, человек тяжело больной. В 1995 г. он скончался. Священники и миряне его патриархата решили похоронить его в Софийском соборе Киева. После неудачных попыток внести гроб внутрь собора, его тело предали земле вблизи собора, где оно покоится и поныне. Третьим патриархом УПЦ-КП был избран Филарет.
О положении Православия в Украине говорил патриарх Алексий II на архиерейском соборе в Москве в 1997 г.: «В настоящее время две основные неканонические группировки на Украине, «Украинская православная Церковь – киевский патриархат» и «Украинская автокефальная православна я Церковь», обладают приблизительно одинаковым весом – на начало 1996 г. УПЦ-КП имела 1332 прихода, УАПЦ – 1209 – и вынуждены делить между собой паству на территории Западной Украины, Ровенской, Волынской и Киевской областей. Большинство пастырей и мирян (более 6500 приходов) сохранили верность канонической Украинской православной Церкви, находящейся в духовной связи с московским патриархатом и молитвенно-евхаристическом общении со всеми поместными православными Церквами». Такое же подавляющее большинство приходов (более 10 тысяч) осталось в лоне Украинской православной Церкви московского патриархата и поныне.
В остальных союзных республиках, после 1991 г. – независимых государствах, православные приходы остались под юрисдикцией московского патриархата.
После 1991 г. стало еще более интенсивным начатое ранее возвращение Русской Церкви ее святынь, храмов и монастырей. Церкви были переданы знаменитые северные обители – Соловецкий и Валаамский монастыри, в Новгороде патриарх Алексий II освятил закрытый с 1929 г. Софийский собор, Успенский собор Московского Кремля вновь стал патриаршим собором Русской православной Церкви. В 1993 г. патриарх освятил восстановленный Казанский собор на Красной площади, а осенью 1994 началось восстановление главного храма дореволюционной России – храма Христа Спасителя в Москве, которое к 1998 г. было закончено. В результате устранения коммунистической идеологии как основы государственной политики отношение российского руководства к Церкви сменилось на прямо противоположное – оказавшись у власти, бывшие партийные и комсомольские функционеры из гонителей религии стали верующими и в церквах на пасхальных богослужениях стоят во главе с президентом со свечами в руках, за что народ, который воспринимает эту мгновенную метаморфозу с иронией, прозвал их «подсвечниками». Однако, по мнению автора, насмешки по такому поводу неуместны – в истории христианства известны многочисленные случаи обращения и не таких грешников, правда, без глубокого покаяния они маловероятны, а покаяния, судя по всему, не было, но дай-то Бог! Пример покаяния, как необходимого условия очищения и духовного возрождения, должна дать прежде всего, сама Русская православная Церковь, некоторые служители которой в советское время, в годы массового доносительства и предательства тесно сотрудничали с безбожной властью.
Прошедшие годы нового тысячелетия для Русской православной Церкви были небогаты важными событиями – факт, который вряд ли можно считать утешительным, поскольку после падения коммунистического режима Церкви был дан серьезный шанс, и этот шанс она практически упустила из-за своего, по мнению автора, гипертрофированного консерватизма, часто граничащего с окаменелостью, чем многих отталкивает, в особенности молодежь.