Как и все «каппапокийцы», Григорий Нисский много занимался тринитарной проблемой. С их деятельностью связано принятие на II Вселенском Соборе Никео-Константинопольского символа веры, который и поныне используется всеми христианскими конфессиями. Учение о Св. Духе Григорий поднял на более высокую ступень, чем его предшественники. Он избегает говорить о Боге как о Духе, поскольку Дух есть имя Ипостаси, а не сущности Бога. Под Св. Духом Григорий понимает «самосудную силу, которая представлена сама по себе в особой Ипостаси, неотделима от Бога, в котором находится, и от Слова Божия, которое Она сопровождает, не в бытие изливается, но, подобно Сыну, существует ипостасно… Одна и та же жизнь приводится в действие Отцом, уготовляется Сыном и зависит от соизволения Духа».
Божественные энергии и силы едины, как едина сущность Бога, «всякое действие, от Божества простирающееся на тварь и именуемое по многоразличным о нем понятиям, от Отца исходит, через Сына простирается и совершается в Духе Святом». Три Ипостаси в Боге нельзя понимать арифметически, а только как Триединство, при этом подчеркивается отсутствие всякой субординации, иерархии Ипостасей. Это трехобразное единство Сущего не есть единство косное, неподвижное, в нем полнота истинной Жизни, божественная динамика, что отличает новозаветное вероучение от иудаизма и представляет собой новую ступень в богопознании.
Борьба с арианством и победа над ним на Соборах вызвали, как это часто бывает, учение, в некотором смысле противоположное арианству, – монофизитство. Эта очень живучая ересь заключается в утверждении, что человеческая природа Христа целиком поглощена божественной, а произошло это либо при Его рождении, либо во время крещения. Но «каппа-докийцы» придерживались православного учения о «неслиянности и нераздельности» обеих полноценных природ в Иисусе Христе, и Григорий Нисский твердо отстаивает это учение.
Способ соединения природ остается для человеческого разума непостижимым, однако «никто из христиан не должен считать, что соединившийся с Божескою природою человек был неполноценный, как бы половинный». Это было сказано в споре с Аполлинарием, но имеет прямое отношение к монофизитству. «Бог родился не в пороке нашем, но в естестве человеском», а в этом естестве как таковом нет ничего нечистого и греховного. Нечисто и греховно вожделение, сластолюбие, а не процесс рождения. «Бог вступил в единение с человеческой жизнью посредством того, чем естество борется со смертью».
Подробно изучена св. Григорием и проблема человека, христианская антропология и его спасение. Его рассуждения о роли свободы воли и благодати в деле спасения строго православны и продолжают сказанное еще св. Иринеем. «Если дарованная нам свобода есть сила без действия, без всякого употребления, то добродетель уничтожена, жизнь не стоит внимания, ум во власти судьбы, грешить – дозволенное дело для каждого… Вера требует сопутствия сестры своей – доброй жизни». С другой стороны, спастись без благодатной помощи Бога тоже невозможно: это – два крыла, которые осуществляют «содеятельность» нас и Бога. Григорий предвосхищает происходивший через пару десятилетий после него яростный спор между Пелагием и блаж. Августином, в котором оппоненты заняли крайние позиции: Пелагий считал, что для спасения человеку достаточно добрых дел, а Августин гипертрофировал роль благодати.
В решении проблемы зла св. Григорий следует за Оригеном: зло есть отсутствие добра, а никак не нечто самостоятельное; зло нельзя представить как сущность, противоположную добру: «Отсутствие света вызывает мрак; при свете же мрака нет. Пока в природе благо, порок сам по себе неосуществим, но удаление лучшего становится началом противоположного». Не имея начала в Боге, зло «зарождается как-то внутри, созидамое свободным произволением, когда душа удаляется от блага», т. е. причина зла – свобода воли, используемая неправедно.