Во время гонений Септимия Севера в 202 г. мученически погиб отец Оригена Леонид, не пожелавший отречься от своей веры, а имущество семьи власти конфисковали. Ориген решил идти на казнь вместе с отцом, но мать и шесть младших братьев, оставшиеся без средств к существованию, его с трудом удержали. В 204 г. Оригену было предложено место огласителя александрийского училища, откуда перед этим ушел Климент, а в 205 г. епископ Димитрий назначил его начальником училища. Свои философские познания Ориген расширял и углублял, посещая лекции основателя неоплатонизма Аммония Саккаса (прозвище Саккас, т. е. мешочник, Аммоний получил в бытность свою носильщиком). Одновременно с Оригеном у Аммония Саккаса обучался Плотин – будущий создатель глубочайшей мистической системы неоплатонизма, достойно завершившей величественное здание античной религиозной философии. У некоторых исследователей факт совместного обучения Оригена и Плотина вызывает сомнение, но в его пользу свидетельствует близость стиля их творений, и не только стиля – в системе христианского богословия Оригена встречаются некоторые черты неоплатонизма, а Плотин, в свою очередь, заимствовал некоторые свои идеи из христианского гнозиса, нещадно критикуя его при этом за «чуждые сказки». Для обеих систем характерно стремление к строгости изложения, свойственной точным наукам, – ведь не зря Александрия славилась своими достижениями в области математики, механики, астрономии и физики.
Дальнейшая жизнь Оригена в Александрии некоторое время протекала сравнительно благополучно – он много разъезжал как педагог и проповедник, посещая Рим, Аравию, Палестину и Сирию. Свои многочисленные произведения Ориген диктовал специально нанятым для этого писцам-стенографам. В 230 г. епископы Кесарии и Иерусалима возвели Оригена в сан пресвитера, не поставив в известность александрийского епископа. Возмущенный таким отношением иерарх заявил, что отныне запрещает Оригену даже появляться в Александрии. С этих пор Ориген продолжал свою деятельность в Палестине, основав там несколько богословских центров. Во время гонений Декия Ориген перенес, по свидетельству Евсевия, «оковы, телесные мучения, пытки железом, муки заключения в глубокой темнице, мужественно выдержав все, чему подвергли его враги». Истерзанный пытками, Ориген скончался в 254 г., его могила в Тире, на территории нынешнего Ливана, долгое время служила местом паломничества христиан.