Главным предметом второй книги служит мир, населенный людьми. Здесь приведены рассуждения о материи, из которой состоит космос и которая является основой всего чувственного мира. Далее предложен сценарий богочеловеческой истории видимого мира, поворотными пунктами которой Ориген считает откровения Бога в виде Ветхого и Нового Заветов. Ориген опровергает еретиков, считающих разными богами Бога Ветхого и Бога Нового Заветов, одного злого, а другого – доброго, и доказывает тождество Бога Закона и пророков и Триединого Бога Нового Завета, Бога праведного и благого. Во второй книге говорится также о духовной, нетелесной природе человека, излагаются разные взгляды на сущность души и ее происхождение.
В третьей книге Ориген рассуждает о свободе воли, стараясь выяснить взаимоотношение человеческой свободы и Провидения Божия. Значительная часть книги посвящена этике, в ней рассказывается о соблазнах, исходящих от злых духов, и об аскетических способах борьбы с ними. Еще раз дается картина мировой истории, в которой сотворение мира сопровождается актом низвержения падших духов в чувственный мир с предоставлением им свободы воли. Эта свобода привела к развращению и порче падших существ, которые оказались не в состоянии должным образом воспользоваться божественным даром. Помощь падшим существам пришла от Бога, пославшего в мир Искупителя, что положило начало всеобщему восстановлению греховного творения. В завершение книги приведена эсхатология Оригена, согласно которой будущее мира рисуется ему как богоподобное блаженное состояние свободы от зла и состояние обожения.
Заключительная, четвертая книга является методическим дополнением к первым трем, собственно богословским. Здесь подробно описаны правила толкования текстов Св. Писания, близкие, по сути к упомянутому выше методу Филона Александрийского. Ориген предполагает в откровении три смысловых слоя: телесный, или буквально-исторический; душевный, или нравственно-назидательный, и духовный. Последний слой аллегоричен, и автор предлагает различные способы толкования символов, определяющих содержание слоя. Книга заканчивается гносеологическим пассажем: «Разумный дух может достигнуть совершенного познания, восходя от видимого к невидимому, – ибо он находится в теле и потому восходит от чувственного, или телесного, к умопостигаемому. Но чтобы кому-нибудь не показалось нелепым выражение, что умопостигаемое – сверхчувственно, приведем изречение Соломона: «Ты найдешь божественное чувство», т. е. умопостигаемое нужно исследовать не телесным чувством, а каким-то другим, которое он называет божественным. Этим-то чувством мы должны исследовать и созерцать все то, о чем говорили выше».
Ориген стал основателем большой и влиятельной богословской школы. Среди ближайших его учеников такие знаменитые Отцы и Учители Церкви, как свв. Григорий Чудотворец и Дионисий Александрийский. Идеи Орагена лежат в основе трудов священномученика Памфила Кесарийского и блаж. Иеронима (правда, в последние годы своей жизни Иероним, как было сказано выше, яростно хулил учителя). «Великие каппадокийцы» свв. Василий Великий и Григорий Богослов составили из творений Оригена сборник «Оригеново добротолюбие», а третий «великий каппадокиец», св. Григорий Нисский, глубочайший христианский мистик, считается из троих наиболее «оригенствующим». Серьезное воздействие Оригена испытали свв. Максим Исповедник и Иоанн Златоуст, а в более позднее время следы его учения можно найти у величайшего богослова и философа периода раннего Возрождения кардинала Николая Кузанского.